R语言 lumi包 adjColorBias.quantile()函数中文帮助文档(中英文对照)

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adjColorBias.quantile(lumi)
adjColorBias.quantile()所属R语言包：lumi

                                         Color bias adjustment of Illumina Infinium methylaton microarrays using smooth quantile normalization
                                         Illumina的Infinium methylaton芯片使用顺利位数标准化的颜色偏差调整

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Color bias adjustment of Illumina Infinium methylaton microarrays using smooth quantile normalization smoothQuantileNormalization
颜色Illumina的Infinium methylaton芯片使用的顺利位数标准化smoothQuantileNormalization偏置调整


用法----------Usage----------


adjColorBias.quantile(methyLumiM, refChannel = c("green", "red"), logMode = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：methyLumiM
a MethyLumiM object or any eSet object with "methylated" and "unmethylated" data matrix element in the assayData slot  
1 MethyLumiM对象或任何与“甲基化”和“甲基化”矩阵元素数据在assayData插槽ESET对象


参数：refChannel
the reference color channel for color bias adjustment  
色彩偏差的调整参考颜色通道


参数：logMode
whether perform the adjustment in log scale or not  
是否执行log规模的调整，或不


参数：...
other parameters used by smoothQuantileNormalization
smoothQuantileNormalization使用其他参数


Details

详情----------Details----------

Perform color bias adjustment of Illumina Infinium methylaton microarrays. It requires the input methyLumiM object includes the color channel information in the featureData. Basically, there should be a "COLOR_CHANNEL" column in the data.frame returned by pData(featureData(methyLumiM)).
执行Illumina的的Infinium methylaton芯片的颜色偏差的调整。它需要输入methyLumiM对象包括在featureData的的颜色通道信息。基本上，应该是一个“COLOR_CHANNEL”列由，PDATA（featureData（methyLumiM））返回的数据框。

The basic idea of color bias adjustment is to treat it as the normalization between two color channels. It uses smooth quantile normalization smoothQuantileNormalization to normalize two color channels.
的色彩偏差调整的基本思路是把它作为两色通道标准化。它采用光滑位数标准化smoothQuantileNormalization标准化两个颜色通道。


值----------Value----------

Return an object (same class as input methyLumiM) with updated "methylated" and "unmethylated" data matrix after color bias adjustment.
返回一个对象与更新“甲基化”和“甲基化”的色彩偏差的调整后的数据矩阵（输入methyLumiM同一类）。


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See Also  lumiMethyC, smoothQuantileNormalization and adjColorBias.ssn
另见lumiMethyC，smoothQuantileNormalization和adjColorBias.ssn


举例----------Examples----------


data(example.lumiMethy)
# before adjustment[调整前]
plotColorBias1D(example.lumiMethy)
lumiMethy.adj = adjColorBias.quantile(example.lumiMethy)
# after adjustment[调整后]
plotColorBias1D(lumiMethy.adj)

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