baseOlig.error(LPE)
baseOlig.error()所属R语言包：LPE
Evaluates LPE variance function of M for quantiles of A within and experimental condition and then interpolates it for all genes.
评估内和实验条件的位数M的液相外延方差函数，然后把它插的所有基因。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Calls baseOlig.error.step1 and baseOlig.error.step2 functions in order to calculate the baseline distribution.
呼吁baseOlig.error.step1和baseOlig.error.step2功能以计算基准分布。
用法----------Usage----------
baseOlig.error(y, stats=median, q=0.01, min.genes.int=10,div.factor=1)
参数----------Arguments----------
参数：y
y is a preprocessed matrix or data frame of expression intensities in which columns are expression intensities for a particular experimental condition and rows are genes.
y是1预处理矩阵或数据列在一个特定的实验条件下的表达强度和行基因表达强度框架。
参数：stats
It determines whether mean or median is to be used for the replicates
它决定是否为重复使用的均值或中位数是
参数：q
q is the quantile width; q=0.01 corresponds to 100 quantiles i.e. percentiles. Bins/quantiles have equal number of genes and are split according to the average intensity A.
q是位数的宽度; Q = 0.01对应于100位数，即百分。箱/位数有同等数量的基因，并根据平均强度A.分裂
参数：min.genes.int
Determines the minimum number of genes in a subinterval for selecting the adaptive intervals.
确定选择的自适应间隔子区间的最小数量的基因。
参数：div.factor
Determines the factor by which sigma needs to be divided for selecting adaptive intervals.
决定的因素，其中六西格玛需要选择自适应时间间隔分为。
值----------Value----------
Returns object of class baseOlig comprising a data frame with 2 columns: A and var M, and rows for each quantile specified. The A column contains the median values of A for each quantile/bin and the M columns contains the pooled variance of the replicate chips for genes within each quantile/bin.
返回类baseOlig的对象，包括一个2列的数据框：一个和var M和行为每个指定的位数。 A列包含A的每个分量/ bin和m列中值包含复制芯片汇集在每一个分量/ bin中的基因的变异。
作者（S）----------Author(s)----------
Nitin Jain<a href="mailto:nitin.jain@pfizer.com">nitin.jain@pfizer.com</a>
参考文献----------References----------
differentially expressed genes with a small number of replicated microarrays, Bioinformatics, 1945-1951.
参见----------See Also----------
lpe
lpe
举例----------Examples----------
# Loading the library and the data[载入库和数据]
library(LPE)
data(Ley)
dim(Ley)
# Gives 12488 by 7[给12488由7]
Ley[1:3,]
# Returns [返回]
# ID c1 c2 c3 t1 t2 t3[ID C1 C2 C3 T1 T2 T3]
# 1 AFFX-MurIL2_at 4.06 3.82 4.28 11.47 11.54 11.34[1 AFFX-MurIL2_at 4.06 3.82 4.28 11.47 11.54 11.34]
# 2 AFFX-MurIL10_at 4.56 2.79 4.83 4.25 3.72 2.94[2 AFFX MurIL10_at 4.56 2.79 4.83 4.25 3.72 2.94]
# 3 AFFX-MurIL4_at 5.14 4.10 4.59 4.67 4.71 4.67[3 AFFX MurIL4_at 5.14 4.10 4.59 4.67 4.71 4.67]
Ley[,2:7] <- preprocess(Ley[,2:7],data.type="MAS5")
subset <- 1:1000
Ley.subset <- Ley[subset,]
# Finding the baseline distribution of subset of the data[查找的数据子集基线分布]
# condition one (3 replicates)[条件之一（3次重复）]
var.1 <- baseOlig.error(Ley.subset[,2:4], q=0.01)
dim(var.1)
# Returns a matrix of 1000 by 2 (A,M) format, equal to the nrow(data) [返回矩阵由2 1000（A，M模式）格式，等于在NROW（数据）]
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发表于 2012-2-25 23:39:49
