R语言 LPE包 am.trans()函数中文帮助文档(中英文对照)

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am.trans(LPE)
am.trans()所属R语言包：LPE

                                         Transform replicated arrays into (A,M) format
                                         （A，M模式）格式转换成复制数组

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Transforms expression intensity measurements for replicated arrays of a single experimental condition into (A,M) format: A = (xi+xj)/2, M = (xi-xj) where x1, x2,..., xn are individual chips. This function is used in the estimation of within-bin variances in the LPE function, and not typically by the user.
（A，M模式）格式转换成一个单一的实验条件下复制阵列表达强度测量为：A =（十一+ XJ）/ 2，男=（XI-XJ），其中x1，x2，...，xn为单个芯片。此功能用于内槽方差估计在液相外延功能，通常不是由用户。


用法----------Usage----------


  am.trans(y)



参数----------Arguments----------

参数：y
y is an ngene by n matrix of expression intensity measurements for replicated arrays under a single experimental condition.
y是一个由n为一个单一的实验条件下复制的阵列表达强度测量矩阵ngene。


值----------Value----------

Returns matrix with 2 columns cbind(A.M) and rows comprising all permutations of individual chip columns of the input matrix y. Note that for each pair of chips M is calculated twice, once for xi-xj and once for xj-xi. The resulting matrix thus has twice the number of rows as the input matrix y.  
返回矩阵2列cbind（AM）和由单个芯片的输入矩阵Y列的所有排列的行。请注意，对每个芯片M是计算两次一次XI-XJ一次XJ-XI。由此产生的矩阵输入矩阵Y的行数的两倍。


作者（S）----------Author(s)----------


Nitin Jain<a href="mailto:nitin.jain@pfizer.com">nitin.jain@pfizer.com</a>



参考文献----------References----------


differentially expressed genes with a small number of replicated microarrays, Bioinformatics, 1945-1951.


参见----------See Also----------

lpe
lpe


举例----------Examples----------


  library(LPE)
  # Loading the LPE library[载入液相库的]

  # Test data with duplicates[重复试验数据]
  temp1 <- matrix(c(1,20,1.5,23),nrow=2)
  am.trans(temp1)
  # It gives a matrix of (4*2) as only two permutaions[它提供了矩阵（4 * 2），因为只有两个permutaions]
  # are possible for each row with duplicates (X1-X2, and X2-X1)[每个重复行（X1  -  X2，X2-X1的可能）]
  
  
  # Another test data with three replicates[三另一个测试数据复制]
  temp2 <- matrix(c(1,20,1.5,23,0.8,19),nrow=2)
  am.trans(temp2)
  # Now it returns matrix of (12*2) as there are[现在它返回矩阵（12 * 2）有]
  # 6 possible permutations for each row with triplicates[6个可能的排列为每行一式三份]
  # (X1-X2, X1-X3, X2-X3, X2-X1, X3-X1 and X3-X2)[（X1  -  X2，X1  -  X3，X2  -  X3，X2  -  X1，X3-X1的X3  -  X2）]
  

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注：
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