adjBaseOlig.error.step1(LPEadj)
adjBaseOlig.error.step1()所属R语言包：LPEadj
Evaluates LPE variance function of M for quantiles of A within and experimental condition by dividing the A in 100 intervals.
评估的范围内和实验条件的位数除以100个间隔的A M的液相外延方差函数。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Genes are placed in bins/quantiles according to their average expression intensity. The function adjBaseOlig.error calculates a pooled variance of M for genes within these bins/quantiles of A for the replicates of the experimental condition contained in y. Here the assumption is that variance of the genes in each interval is similar.
基因被放置在垃圾箱/位数，根据他们的平均表达强度。的的功能adjBaseOlig.error计算汇集在y中的实验条件下重复基因在这些回收箱/ A的位数为M的方差。这里的假设是，在每个区间的基因变异是类似的。
用法----------Usage----------
adjBaseOlig.error.step1(y, stats=median, setMax=FALSE, q=0.01, df=10)
参数----------Arguments----------
参数：y
y is a preprocessed matrix or data frame of expression intensities in which columns are expression intensities for a particular experimental condition and rows are genes.
y是1预处理矩阵或数据列在一个特定的实验条件下的表达强度和行基因表达强度框架。
参数：stats
It determines whether mean or median is to be used for the replicates
它决定是否为重复使用的均值或中位数是
参数：setMax
If T then all variances below the max variance in the ordered distribution of variances are set to the maximum variance. If F then variances are left as is (recommended)
如果T然后设置以下的有序分布的差异最大方差方差的最大差异。如果F，然后差额离开是（推荐）
参数：q
q is the quantile width; q=0.01 corresponds to 100 quantiles i.e. percentiles. Bins/quantiles have equal number of genes and are split according to the average intensity A.
q是位数的宽度; Q = 0.01对应于100位数，即百分。箱/位数有同等数量的基因，并根据平均强度A.分裂
参数：df
df stands for degrees of freedom. It is used in smooth.spline function to interpolate the variances of all genes. Default value is 10.
DF代表的自由度。它是用来插所有基因的变异smooth.spline功能。默认值是10。
值----------Value----------
Returns object of class baseOlig, comprising a data frame with 2 columns: A and var M. The A column contains the median values of each gene and the M columns contains the corresponding variance. Number of rows of the data-frame is same as that of the number of genes.
返回对象类baseOlig的，包括一个2列的数据框：一个和var M.列包含每个基因和M列中值包含相应的差额。数据框的行数是相同的基因数量。
作者（S）----------Author(s)----------
Carl Murie <a href="mailto:carl.murie@mcgill.ca">carl.murie@mcgill.ca</a>,
Nitin Jain <a href="mailto:nitin.jain@pfizer.com">nitin.jain@pfizer.com</a>
参考文献----------References----------
differentially expressed genes with a small number of replicated microarrays, Bioinformatics, 1945-1951.
参见----------See Also----------
lpeAdj
lpeAdj
举例----------Examples----------
# Loading the data from the LPE library[载入液相库数据]
data(Ley)
dim(Ley)
# Gives 12488 by 7[给12488由7]
Ley[1:3,]
# Returns [返回]
# ID c1 c2 c3 t1 t2 t3[ID C1 C2 C3 T1 T2 T3]
# 1 AFFX-MurIL2_at 4.06 3.82 4.28 11.47 11.54 11.34[1 AFFX-MurIL2_at 4.06 3.82 4.28 11.47 11.54 11.34]
# 2 AFFX-MurIL10_at 4.56 2.79 4.83 4.25 3.72 2.94[2 AFFX MurIL10_at 4.56 2.79 4.83 4.25 3.72 2.94]
# 3 AFFX-MurIL4_at 5.14 4.10 4.59 4.67 4.71 4.67[3 AFFX MurIL4_at 5.14 4.10 4.59 4.67 4.71 4.67]
Ley[1:1000,2:7] <- preprocess(Ley[1:1000,2:7],data.type="MAS5")
# Finding the baseline distribution of subset of the data[查找的数据子集基线分布]
# condition one (3 replicates)[条件之一（3次重复）]
var.1 <- adjBaseOlig.error.step1(Ley[1:1000,2:4], setMax=FALSE, q=0.01)
dim(var.1)
# Returns a matrix of 1000 by 2 (A,M) format[2（A，M模式）格式返回1000矩阵]
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发表于 2012-2-25 23:38:36
