plotGW(lol)
plotGW()所属R语言包：lol
Plot genome-wide data along the genome
图全基因组数据基因组沿
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plot different measurements across the genome such as copy number amplifications and deletions.
绘制跨越不同的测量，如基因组拷贝数扩增和缺失。
用法----------Usage----------
参数----------Arguments----------
参数：data
data matrix to plot, each column is plotted individually across the genome
数据矩阵小区，每列分别绘制在整个基因组
参数：pos
the chromosome locations for the data, can be a matrix or data frame with a column named chromosome_name, or a numeric vector
染色体上的位置数据，可以是一个与名为chromosome_name列矩阵或数据框，或一个数值向量
参数：marks
if there is specific marks to plot on the baselne, eg. to indicate where are the SNPs, should be a vector of numbers indicating where the marks is relative to the input data matrix
如果有绘制的baselne的具体标志，例如。表明哪里的SNPs，应该是一个数字的向量，指示标志是相对的输入数据矩阵
参数：fileType
either png or pdf file type
png或PDF文件类型
参数：file
file name
文件名
参数：width
width of the plot
图宽度
参数：height
height of the plot
图高度
参数：autoscale
should the columns of data be scaled?
应的数据列进行缩放？
参数：col
colors for each of the data columns to be plotted, should be no shorter than the number of columns in 'data'
为每个要绘制的数据列的颜色，应该没有比列数较短的数据“
参数：legend
legend text in the legend box
在传说中的传说文本
参数：ylab
parameter for par, default to ”
面值，默认参数“
参数：pch
parameter for par, default to 19
杆，默认参数至19日
参数：cex.axis
parameter for par, default to 1.2
参数看齐，默认为1.2
参数：cex.lab
parameter for par, default to 1.2
参数看齐，默认为1.2
参数：cex
parameter for par, default to 0.5
参数看齐，默认为0.5
参数：legend.pos
parameter for legend, default to 'bottomright'
传说，默认参数“bottomright
参数：mtext
parameter for mtext, default to NULL
MTEXT参数，默认为NULL
参数：mtext.side
parameter for mtext, default to 2
MTEXT参数，默认为2
参数：mtext.at
parameter for mtext, default to 2
MTEXT参数，默认为2
参数：mtext.line
parameter for mtext, default to 3
MTEXT参数，默认为3
参数：...
Other parameters to pass to plot() or legend()
其他参数传递给图（）或传说（）
Details
详情----------Details----------
This function requires as input data a vector or a matrix with different variables in columns, and a position matrix of chromosome name and start position. The number of rows in the position matrix should be the same as the length of the data vector or the number of rows of the data matrix. The function plots the data according to the position across the genome, providing a genome-wide description.
此功能要求输入数据向量或矩阵列不同的变量，一个染色体的名称和起始位置的位置矩阵。位置矩阵中的行数，应该是作为数据向量或数据矩阵的行数的长度相同。函数曲线的数据，在整个基因组的位置，提供了全基因组的描述。
值----------Value----------
Write an image file to disk, either in png or pdf format.
写磁盘映像文件，无论是在PNG或PDF格式。
作者（S）----------Author(s)----------
Yinyin Yuan
参见----------See Also----------
lasso.cv
举例----------Examples----------
data(chin07)
gain <- rowSums(chin07$cn >= .2)
loss <- -rowSums(chin07$cn <= -.2)
plotGW(data=cbind(gain, loss), pos=attr(chin07$cn, 'chrome'), legend=c('gain', 'loss'))
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 23:38:11
