R语言 logicFS包 make.snp.dummy()函数中文帮助文档(中英文对照)

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make.snp.dummy(logicFS)
make.snp.dummy()所属R语言包：logicFS

                                        SNPs to Dummy Variables
                                         单核苷酸多态性，以虚拟变量

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Transforms SNPs into binary dummy variables.
转换成二进制的虚拟变量的SNPs。


用法----------Usage----------


  make.snp.dummy(data)



参数----------Arguments----------

参数：data
a matrix in which each column corresponds to a SNP and each row to an observation. The genotypes of all SNPs must be either coded by 1 (for the homozygous reference genotype), 2 (heterozygous), and 3 (homozygous variant) or by 0, 1, 2. It is not allowed that some SNPs following the 1, 2, 3 coding scheme and some SNPs the 0, 1, 2 coding. Missing values are allowed, but please note that  neither logic.bagging nor logicFS can handle missing values so that the missing values need to be imputed (preferably before an application of make.snp.dummy.
矩阵的每列对应一个SNP，每行观察。所有SNP的基因型必须编码由1（合子参考型），2（杂合子），和3个（合子变种）或0，1，2。这是不允许的，一些SNPs 1，2，3编码方案和一些单核苷酸多态性的0，1，2编码。遗漏值是允许的，但是请注意，无论是logic.bagging也logicFS可以处理缺失值必须归咎于（最好之前make.snp.dummy的应用使遗漏值。


Details

详情----------Details----------

make.snp.dummy assumes that the homozygous dominant genotype  is coded by 1, the heterozygous genotype by 2, and the homozygous recessive genotype by 3. Alternatively, the three genotypes can be coded by the number of minor alleles, i.e. by 0, 1, and 2.  For each SNP, two dummy variables are generated:
make.snp.dummy假设，编码由1，2杂合子基因型，3隐性纯合子基因型的纯合子的优势基因型。另外，可编码由一些次要等位基因，即0，1，2三种基因型。对于每一个SNP，两个虚拟变量产生：




SNP.1 At least one of the bases explaining the SNP are of
至少SNP.1在解释的SNP的碱基之一，是




SNP.2 Both bases are of the recessive type.
隐性类型SNP.2两个碱基。


值----------Value----------

A matrix with 2*ncol(data) columns containing 2 dummy variables for each SNP.
带有2个矩阵*ncol(data)列包含每个SNP的虚拟变量。


注意----------Note----------

See the R package scrime for more general functions for recoding SNPs.
看到R包scrime重新编码单核苷酸多态性的一般功能。


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>

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