R语言 LiquidAssociation包 GLA-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GLA-methods(LiquidAssociation)
GLA-methods()所属R语言包：LiquidAssociation

                                        Function to calculate GLA estimate
                                         函数来计算GLA的估计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

'GLA' is used to calculate the GLA estimate for a gene triplet data.
“亚麻酸”是用来计算基因三重数据GLA的估计。


参数----------Arguments----------

参数：object
An numerical matrix object with three columns or an object of ExpresionSet class with three features.
一个具有三列或对象三个特点ExpresionSet类的数值矩阵对象。


参数：cut
cut==M +1. M is the number of grip points pre-specifed over the third variable.
切== M +1个。 M是在第三个变量的预specifed握点的数量。


参数：dim
An index of the column for the gene to be treated as the third controller variable. Default is dim=3
第三控制器变量被视为一个基因的列的索引。默认昏暗= 3


参数：geneMap
A character vector with three elements representing the mapping between gene names and feature names (optional).
三个基因的名称和功能名称（可选）之间的映射元素代表一个字符向量。


Details

详情----------Details----------

The input object can be a numerical matrix with three columns with row representing observations and column representing three variables. It can also be an ExpressionSet object with three features. If input a matrix class data, all three columns of the object representing the variables should have column names. Each variable in the object will be standardized with mean 0 and variance 1 in the function. In addition, the third variable will be quantile normalized within the function. More detail example about the usage of geneMap is demonstrated in the vignette.
输入对象可以是一个三列与行代表的意见和列代表三个变量的数值矩阵。它也可以是一个具有三个特点ExpressionSet对象。如果输入一个矩阵类的数据，代表变量的对象应该有三列的列名。对象中的每个变量是在函数的均值为0，方差为1的标准化。此外，第三个变量将归位数内的功能。更多关于使用geneMap详细的例子证明中的小插曲。


值----------Value----------

'GLA' returns a numerical value representing the estimated value. A more detailed interpretation of the value is illustrated in the vignette.
“GLA的返回一个数值代表的估计值。值的一个更详细的解释说明中的小插曲。


作者（S）----------Author(s)----------


Yen-Yi Ho



参考文献----------References----------

183. http://www.bepress.com/jhubiostat/paper183

参见----------See Also----------

LA-methods, getsGLA-methods
LA-methods，getsGLA-methods


举例----------Examples----------



data<-matrix(rnorm(300), ncol=3)

colnames(data)<-c("Gene1", "Gene2", "Gene3")

GLAest<-GLA(data, cut=4, dim=3)

GLAest


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