MAList-class(limma)
MAList-class()所属R语言包：limma
M-value, A-value Expression List - class
，A值的表达式列表的M-值 - 类
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A simple list-based class for storing M-values and A-values for a batch of spotted microarrays. MAList objects are usually created during normalization by the functions normalizeWithinArrays or MA.RG.
一个简单的基于列表的一批发现芯片存储的M-值和A值的类。 MAList对象通常是在标准化过程中创建的功能normalizeWithinArrays或MA.RG。
角子机/列表组件----------Slots/List Components----------
MAList objects can be created by new("MAList",MA) where MA is a list. This class contains no slots (other than .Data), but objects should contain the following components:
MAListnew("MAList",MA)MA是一个列表可以通过创建对象。这个类不包含插槽（比.Data除外），但对象应包含以下组件：
numeric matrix containing the M-values (log-2 expression ratios). Rows correspond to spots and columns to arrays.
数字矩阵包含的M值（log-2表达率）。行对应点和列数组。
Optional components include:
可选组件包括：
numeric matrix of same dimensions as M containing relative spot quality weights. Elements should be non-negative.
M含有相对现货质量重量尺寸相同的数字矩阵。元素应该非负。
list containing other matrices, all of the same dimensions as M.
列表，其中包含其他矩阵，所有的M相同的尺寸。
data.frame containing probe information. Should have one row for each spot. May have any number of columns.
数据框包含探针信息。应该有一个为每个点的行。可能有任何的列数。
data.frame containing information on the target RNA samples. Rows correspond to arrays. May have any number of columns. Usually includes columns Cy3 and Cy5 specifying which RNA was hybridized to each array.
数据框包含的信息对目标RNA样品。行对应数组。可能有任何的列数。一般包括列Cy3和Cy5指定RNA杂交到每个阵列。
Valid MAList objects may contain other optional components, but all probe or array information should be contained in the above components.
有效的MAList对象可能包含其他可选组件，但应在上述组件中所有探针或阵列信息。
方法----------Methods----------
This class inherits directly from class list so any operation appropriate for lists will work on objects of this class. In addition, MAList objects can be subsetted and combined. RGList objects will return dimensions and hence functions such as dim, nrow and ncol are defined. MALists also inherit a show method from the virtual class LargeDataObject, which means that RGLists will print in a compact way.
这个类直接继承自类list所以适当列表的任何操作，将这个类的对象。此外，可以MAList对象子集和组合。 RGList对象将返回尺寸和功能，如dim，nrow和ncol定义。 MALists还show方法继承虚拟类LargeDataObject，这意味着RGLists将打印在一个紧凑的方式。
Other functions in LIMMA which operate on MAList objects include normalizeWithinArrays, normalizeBetweenArrays, normalizeForPrintorder, plotMA and plotPrintTipLoess.
在其他功能LIMMAMAList对象包括normalizeWithinArrays，normalizeBetweenArrays，normalizeForPrintorder，plotMA和plotPrintTipLoess。
作者（S）----------Author(s)----------
Gordon Smyth
参见----------See Also----------
02.Classes gives an overview of all the classes defined by this package.
02.Classes给出了一个概述此包中定义的所有类。
marrayNorm is the corresponding class in the marray package.
marrayNorm是在marray包的相应的类。
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发表于 2012-2-25 23:18:24
