R语言 limma包 makeContrasts()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeContrasts(limma)
makeContrasts()所属R语言包：limma

                                        Construct Matrix of Custom Contrasts
                                         构建自定义对比的矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Construct the contrast matrix corresponding to specified contrasts of a set of parameters.
构建相应的一组参数指定的反差对比矩阵。


用法----------Usage----------


makeContrasts(..., contrasts=NULL, levels)



参数----------Arguments----------

参数：...
expressions, or character strings which can be parsed to expressions, specifying contrasts
表达式或字符串可以解析表达式，指定对比


参数：contrasts
character vector specifying contrasts
特征向量指定的对比


参数：levels
character vector or factor giving the names of the parameters of which contrasts are desired, or a design matrix or other object with the parameter names as column names.
特征向量或因素对比的需要，或设计矩阵或与其他对象作为列名参数名参数的名称。


Details

详情----------Details----------

This function expresses contrasts between a set of parameters as a numeric matrix. The parameters are usually the coefficients from a linear model fit, so the matrix specifies which comparisons between the coefficients are to be extracted from the fit. The output from this function is usually used as input to contrasts.fit. The contrasts can be specified either as expressions using ... or as a character vector through contrasts. (Trying to specify contrasts both ways will cause an error.)
此功能表示为一组参数之间的一个数字矩阵对比。参数通常是从一个线性模型拟合的系数，所以矩阵指定系数之间的比较可以从适合中提取。从这个函数的输出通常作为输入contrasts.fit的使用。的对比可以使用...或通过contrasts作为一个特征向量的表达式指定。 （试图指定对比两种方式，将导致错误。）

The parameter names must be syntactically valid variable names in R and so, for example, must begin with a letter rather than a numeral. See make.names for a complete specification of what is a valid name.
参数名称必须是在R语法上有效的变量名，因此，举例来说，必须首先用一个数字而不是字母。看到make.names一个什么样的规格齐全，是一个有效的名称。


值----------Value----------

Matrix which columns corresponding to contrasts.
矩阵来对比相应的列。


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth



参见----------See Also----------

An overview of linear model functions in limma is given by the help page 06.LinearModels.
线性模型功能概述limma帮助页面06.LinearModels。


举例----------Examples----------


makeContrasts(B-A,C-B,C-A,levels=c("A","B","C"))
makeContrasts(contrasts="A-(B+C)/2",levels=c("A","B","C"))
x <- c("B-A","C-B","C-A")
makeContrasts(contrasts=x,levels=c("A","B","C"))

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