threshold,Les-method(les)
threshold,Les-method()所属R语言包：les
threshold
阈值
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The 'threshold' method estimates a suitable threshold Theta from the data. Thresholding provides the ability the define distinct Loci of Enhanced Significance (LES) with the 'regions' method in a later step.
阈值的方法，估计一个合适的阈值从数据Theta。阈值提供能力的增强意义（LES）的定义与“区域”的方法，在后面的步骤不同的位点。
用法----------Usage----------
threshold(object, grenander = FALSE, verbose = FALSE, ...)
## S4 method for signature 'Les'
threshold(object, grenander = FALSE, verbose = FALSE,
...)
参数----------Arguments----------
参数：object
Object of class 'Les' as returned by 'estimate' or 'Les'.
返回“估计”或“莱斯”类“莱斯”的对象。
参数：grenander
Logical indicating whether the Grenander estimator for the cumulative density should be used (default: FALSE). For details see below and at the 'GSRI' package.
逻辑表示累积密度Grenander估计是否应使用（默认：false）。有关详细信息，请参见以下和“GSRI”包。
参数：verbose
Logical indicating whether a summary of the estimated number of regulated probes should be printed on screen (default: FALSE).
逻辑说明摘要应印在屏幕上是否调节探针的估计数（默认：false）。
参数：...
Further arguments passed to subsequent functions.
进一步的参数传递给后续的功能。
Details
详情----------Details----------
This method estimates the number of probes with a significant effect R. The estimation is based on the p-value distribution. The analysis is based on the 'Gene Set Regulation Index' by Bartholome et al., 2009.
这种方法估计的一个重要作用R探针的数量。估计基础上的P-值分布。分析是基于基因组调控指标Bartholome等。，2009。
Estimation of the threshold is independent of the computation performed by the 'estimate' method.
阈值的估计是独立的“估计”的方法进行计算。
A reasonable estimate for the cutoff value Theta can be chosen such that |Lambda >= Theta| = R.
一个合理的临界值Theta估计可以选择这样|Lambda >= Theta| = R。
The Grenander estimator for the cumulative density results in a conservative estimate for the number of significant probes with decreased variance.
累积密度下降差异显着探针的数量保守估计在Grenander估计。
A reasonable subsequent step is to call 'regions' to find distinct Loci of Enhanced Significance.
合理的后续步骤，是所谓的“区域找到增强的意义不同位点。
值----------Value----------
Object of class 'Les' with additionally filled slots:
对象类的莱斯额外填充的插槽：
参数：nSigProbes
Estimated number of significant probes.
估计数的重大探针。
参数：theta
Estimated threshold Theta.
估计阈值Theta。
作者（S）----------Author(s)----------
Julian Gehring
Maintainer: Julian Gehring <julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de>
参考文献----------References----------
Estimation of gene induction enables a relevance-based ranking of gene sets, Journal of Computational Biology: A Journal of Computational Molecular Cell Biology 16, no. 7 (July 2009): 959-967. http://www.liebertonline.com/doi/abs/10.1089/cmb.2008.0226
参见----------See Also----------
Package: les-package
包装：les-package
Class: Les
类别：Les
Methods and functions: Les estimate threshold regions ci export plot
方法和功能：Lesestimatethresholdregionsciexportplot
举例----------Examples----------
data(spikeInStat)
x <- Les(pos, pval)
x <- estimate(x, 200)
x <- threshold(x, verbose=TRUE)
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发表于 2012-2-25 23:07:30
