regions,Les-method(les)
regions,Les-method()所属R语言包：les
regions
区域
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Estimates distinct regions of continuously elevated Lambda above a threshold Theta.
估计不同区域不断升高的Lambda以上的阈值Theta。
用法----------Usage----------
regions(object, limit=NULL, minLength=2, maxGap=Inf, verbose = FALSE,
...)
## S4 method for signature 'Les'
regions(object, limit=NULL, minLength=2, maxGap=Inf,
verbose = FALSE, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
Object of class 'Les' as returned by 'threshold'.
返回阈值类LES的对象。
参数：limit
Numeric specifying the threshold Theta for Lambda with regions are defined as Lambda>=Theta (default: NULL). If 'NULL' Theta will be derived from the estimated number of regulated probes as computed by 'threshold'.
数字指定的阈值ThetaLambda区域Lambda>=Theta定义（默认值：NULL）。如果“NULL”Theta将来自调节探针的估计数作为计算阈值。
参数：minLength
Integer specifying the minimum number of probes in a region (default: 2).
整数，指定探针在一个区域的最低数量（默认是：2）。
参数：maxGap
Integer specifying maximum gap in base pairs between two neighboring probes in a region (default: Inf). If this value is exceeded the region will be split into smaller ones such that one region does not have neighboring probes with larger distance than 'maxGap'. If not specified arbitrary large gap sizes are allowed.
整数，指定个碱基对中的两个相邻的探针在一个区域（默认：INF）之间的最大差距。如果超过此值，该区域将被分成较小的这样一个区域不会有较大的比“maxGap距离相邻的探针。如果没有指定任意大的差距大小是允许的。
参数：verbose
Logical indicating whether a summary of the estimated regions should be printed on screen (default: FALSE).
逻辑表示估计区域的摘要是否应该被印在屏幕上（默认：false）。
参数：...
Further arguments passed to subsequent functions.
进一步的参数传递给后续的功能。
Details
详情----------Details----------
This method finds distinct regions in Lambda by thresholding with Theta. The regions have to meet the following criteria:
这种方法发现在LambdaTheta阈值不同的区域。该区域有符合下列条件：
(1) For all probes in the region Lambda>=Theta has to hold. (2) Each region has to contain at least as many probes as specified in 'minLength'. (3) The gap between to neighboring probes has to be smaller or equal to 'maxGap'.
（1）对于所有探针在该区域的Lambda>=Theta举行。 （2）每个区域都有包含至少许多探针，minLength“规定。 （3）相邻探针之间的差距是较小或等于“maxGap的。
Along with the boundaries of the regions the number of regulated probes within each region is estimated. This is used to sort the regions in order to get a list of top regions. The resulting data frame containing the regions can be accessed with the '[' method.
随着该区域的边界，每个区域内的调节探针的数量估计。这是用来排序的区域，以获得名列区域榜首。访问所产生的数据框包含的区域，可以用[的方法。
值----------Value----------
Object of class 'Les' with additionally filled slots: regions, limit
类“莱斯”额外填充的插槽区域，限制的对象
'regions' is a data frame with variables:
区域是一个变量的数据框：
参数：chr
Chromosome the regions is located on.
位于染色体区域。
参数：start
Position of the beginning of the region.
该区域的开始位置。
参数：end
Position of the end of the region.
该区域的最终地位。
参数：size
Extend of the region in base pairs (measured in the same units as input 'pos', normally base pairs).
延长碱基对（输入POS相同的单位，通常碱基）的区域。
参数：nProbes
Number of probes in the region.
在该区域的探针数量。
参数：ri
Regulation Index of the region indicating the fraction of regulated probes in the region.
指示调节探针在该区域的一小部分区域的调控指标。
参数：se
Standard error of the estimation of 'ri'.
“里”估计的标准误。
参数：rs
Regulation score defined as 'ri'/'se'. The data frame is sorted according to this variable.
定义为里/SE调控得分。根据这个变量的数据框进行排序。
作者（S）----------Author(s)----------
Julian Gehring
Maintainer: Julian Gehring <julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de>
参见----------See Also----------
Package: les-package
包装：les-package
Class: Les
类别：Les
Methods and functions: Les estimate threshold regions ci chi2 export plot
方法和功能：Lesestimatethresholdregionscichi2exportplot
举例----------Examples----------
data(spikeInStat)
x <- Les(pos, pval)
x <- estimate(x, win=200)
x <- threshold(x, grenander=TRUE, verbose=TRUE)
x <- regions(x, verbose=TRUE)
print(x["regions"])
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发表于 2012-2-25 23:07:07
