get.motifs.by.gene(KEGGSOAP)
get.motifs.by.gene()所属R语言包：KEGGSOAP
Client-side interface to obtain the name of genes that are
客户端接口，以获得基因的名称
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function queries the Pfam, TIGRFAM, PROSITE pattern, and/or PROSITE profile databases for the motifs of a given gene. A motif is a locally conserved region of a sequence or a short sequence pattern shared by a set of sequences
此功能查询PFAM，TIGRFAM，PROSITE模式，和/或为一个特定基因的图案PROSITE个人资料数据库。一个主题是一个序列本地保守的区域，或由一组序列共享一个短序列模式
用法----------Usage----------
get.motifs.by.gene(genes.id, db)
参数----------Arguments----------
参数：genes.id
genes.id a character string for the id used by KEGG to represent the gene of interest. The id normally consists of three letters followed by a colon and then several numbers. The three letters are from the first letter of the genus name and the first two letters of the species name of the scientific name of the organism of concern (e. g. hsa:111 for Homo Sapiens)
genes.id为KEGG代表感兴趣的基因所使用的ID的字符串。 ID通常由三个字母，后跟一个冒号，然后几个数字。这三个字母是由属名第一个字母和关注的有机体的学名的种名的前两个字母（如HSA：111智人）
参数：db
db a character string for the name of the data to search for motifs. Valid database names include pfam, tfam, pspt, pspf for the Pfam, TIGRFAM, PROSITE pattern, and PROSITE profile, respectively, or all for all the four databases
db的数据，以搜寻为图案的名称为字符串。有效的数据库名称包括PFAM，TFAM，PSPT，的PFAM pspf，TIGRFAM，PROSITE模式，PROSITE轮廓，或为所有四个数据库
Details
详情----------Details----------
The motif ids obtained can be used to search for the genes that contain the motif across organism using get.genes.by.motifs
主题IDS获得可以用来寻找基因含有整个生物体的主题，使用get.genes.by.motifs
值----------Value----------
The function returns a list of lists with each of the sub-list having the following elements:
该函数返回一个列表的列表与每个子列表具有下列元素：
参数：motif_id
a character string for the id of the motif found
为主题的id字符串发现
参数：definition
a character string for the definition of the motif
为主题的定义字符串
参数：genes_id
a character string for the KEGG genes\_id of the gene that contains the motif and used to search the database(s)
为KEGG基因字符串\ _id的基因，其中包含的主题和用来搜索数据库（）
参数：start_position
an integer for the start position of the motif match
为主题匹配的起始位置的整数
参数：end.position
an integer for the end position of the motif match
为主题匹配的结束位置的整数
参数：score
a numeric value for the score of the motif match for TIGRFAM and PROSITE databases
为数值的主题比赛得分TIGRFAM和PROSITE数据库
参数：evalue
a numeric value for the E-value of the motif match for Pfam database
数值为E值的图案匹配的Pfam数据库
作者（S）----------Author(s)----------
Jianhua Zhang
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3>
举例----------Examples----------
motifs <- get.motifs.by.gene("eco:b0002", "pfam")
sapply(motifs, function(x) x@motif_id)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 23:02:35
