parseKGMLexpandMaps(KEGGgraph)
parseKGMLexpandMaps()所属R语言包：KEGGgraph
A convenient function to parse KGML and expand its containing
解析KGML和扩大其含有一个方便的功能
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function does several tasks implemented in the KEGGgraph package in sequence to make expanding maps easier.
功能实施在KEGGgraph包序列中的几个任务，使扩大的图更容易。
用法----------Usage----------
parseKGMLexpandMaps(file, downloadmethod = "wget", genesOnly = TRUE, localdir,...)
参数----------Arguments----------
参数：file
A KGML file
一个KGML文件
参数：downloadmethod
passed to download.file function as 'method', see its documentation for more details
通过法download.file功能，详情请参阅它的文档
参数：genesOnly
logical, should only the genes nodes remain in the returned graph object?
逻辑，应该只基因节点留在返回的图形对象？
参数：localdir
character string, if specified, the function tries to read files with the same base name from a local directory, useful when there are file copies on the client.
字符串，如果指定的话，函数试图读取文件从本地目录相同的基本名称，有用的，当有客户端上的文件副本。
参数：...
Other parameters passed to download.file
其他参数传递download.file
Details
详情----------Details----------
In KEGG pathways there're usually pathways contained('cross-linked') in other pathways, for example see http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04115.html, where p53 signalling pathway contains other two pathways 'apoptosis' and 'cell cycle'. This function parses these pathways (refered as 'maps' in KGML manual), download their KGML files from KEGG FTP website, parse them individually, and merge all the children pathway graphs with the parental pathway into one graph object. The graph is returned as the function value.
在KEGG通路通常是有传导通路包含在其他途径（“交联”），请参阅的例子http://www.genome.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04115.html，p53信号通路的包含其他两个途径“单元凋亡”和“单元周期”。此功能解析这些路径（“图”在KGML手册所指向），从KEGG的FTP网站下载他们KGML文件，分析他们的个人，所有的孩子与父母通路的通路图合并成一个图形对象。该图是作为函数值返回。
Since different graphs does not have unique node identifiers unless the genes are expanded, so by using this function user has to expand the genes. Another disadvantage is that so far due to the implementation, the KEGGnodeData and KEGGedgeData is lost during the merging. This however will probably be changed in the future version.
由于不同的图形不具有唯一的节点标识，除非基因扩大，因此，使用此功能的用户有扩大的基因。另一个缺点是，到目前为止，由于实施，KEGGnodeData和KEGGedgeData合并期间丢失。然而，这可能会在未来版本中改变。
值----------Value----------
A directed graph object
定向的图形对象
作者（S）----------Author(s)----------
Jitao David Zhang <a href="jitao_david.zhang@roche.com">jitao_david.zhang@roche.com</a>
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3>
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发表于 2012-2-25 22:58:50
