R语言 KEGGgraph包 KEGGpathway2Graph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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KEGGpathway2Graph(KEGGgraph)
KEGGpathway2Graph()所属R语言包：KEGGgraph

                                         Parses KEGGpathway to graph
                                         以图解析KEGGpathway

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function parses an object of KEGGPathway-class into graph.
函数解析对象KEGGPathway-class成图。


用法----------Usage----------


KEGGpathway2Graph(pathway, genesOnly = TRUE, expandGenes = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：pathway
An instance of KEGGPathway-class  
一个KEGGPathway-class的实例


参数：genesOnly
logical, should only the genes are maintained and other types of nodes (compounds, etc) neglected? TRUE by default
逻辑，只应的基因保持和其他类型的节点（化合物等）被忽视？ TRUE，默认情况下，


参数：expandGenes
logical, should homologue proteins expanded? TRUE by default  
逻辑，应扩大同源蛋白？ TRUE，默认情况下，


Details

详情----------Details----------

When 'expandGenes=TRUE', the nodes have unique names of KEGGID (in the form of 'org:xxxx', for example 'hsa:1432'), otherwise an auto-increment index given by KEGG is used as node names. In the latter case, the node names are duplicated and graphs cannot be simply merged before the nodes are unique.
当expandGenes = TRUE“，节点有KEGGID的唯一的名称（”ORG：XXXX“的形式，例如，HSA：1432），否则将自动递增的指数由KEGG作为节点名称。在后一种情况下，节点名称重复和图表合并前的节点是唯一的，不能简单。

KEGG node and edge data is stored in 'nodeData' and 'edgeData' slots respectively, which can be extracted by getKEGGnodeData and getKEGGedgeData.
KEGG节点和边缘数据存储在“nodeData分别edgeData”插槽，它可以提取getKEGGnodeData和getKEGGedgeData。


值----------Value----------

A directed graph.
一个有向图。


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang <a href="mailto:jitao_david.zhang@roche.com">mailto:jitao_david.zhang@roche.com</a>



参见----------See Also----------

parseKGML2Graph
parseKGML2Graph


举例----------Examples----------


sfile <- system.file("extdata/hsa04010.xml",package="KEGGgraph")
kegg.pathway <- parseKGML(sfile)
gR.compact<- KEGGpathway2Graph(kegg.pathway,expandGenes=FALSE)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。