R语言 KCsmart包 getSigSegments()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getSigSegments(KCsmart)
getSigSegments()所属R语言包：KCsmart

                                         Retrieve the significantly gained and lost regions including the corresponding, original probes
                                         检索包括相应的，原探针的明显上涨，失去了区域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Retrieve the significantly gained and lost regions including the corresponding, original probes. A significance level must be selected by the user.
检索，包括相应的，原探针显着获得和失去的区域。一个显着水平，必须由用户选择。


用法----------Usage----------


getSigSegments(spm, sigLevels, chromosomes=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：spm
The sample point matrix to be plotted  
要绘制的采样点矩阵


参数：sigLevels
The significance thresholds to be used
要使用的阈值的意义


参数：chromosomes
Takes a vector of chromosomes to be plotted. Defaults to all chromosomes.  
要绘制的染色体向量。所有染色体的默认。


Details

详情----------Details----------

'sigLevels' should contain the significance thresholds in a list with the positive (gains) threshold in the 'pos' element and the negative (losses) threshold in the 'neg' element. This is the format as returned by 'findSigLevelTrad' and 'findSigLevelFdr'.
“sigLevels”列表中应包含与积极POS元素和负元素的负（亏损）阈值的阈值（收益）的意义阈值。这是作为“findSigLevelTrad和findSigLevelFdr的返回格式。


值----------Value----------

Returns a sigSegments object containing the chromosome, start position, end position, average KC score and the mode of the KC score in that region of all segments passing the thresholds as set in 'sigLevels'.  Additionally, returns the IDs and indices of the probes and the positions in the sample point matrix within the significant regions. The results are stored in two separate slots: 'gains' for gains and 'losses' for losses. Use 'write.table' to save the results to file.
返回一个sigSegments对象，其中包含染色体，开始位置，结束位置，平均架KC得分和模式，通过阈值设定sigLevels“的所有分部区域KC得分。此外，传回的探测和采样点矩阵中的位置，在重大区域ID和索引。结果被存储在两个独立的插槽：收益的收益和损失的“损失”。使用“write.table结果保存到文件。


作者（S）----------Author(s)----------


Jorma de Ronde



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


data(hsSampleData)
data(hsMirrorLocs)

spm1mb <- calcSpm(hsSampleData, hsMirrorLocs)

siglevel1mb <- findSigLevelTrad(hsSampleData, spm1mb, n=3)

sigSegments1mb <- getSigSegments(spm1mb, siglevel1mb)
write.table(sigSegments1mb, file=file.path(tempdir(),'sigSegments1mb.txt'))


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