R语言 KCsmart包 getSigRegionsCompKC()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getSigRegionsCompKC(KCsmart)
getSigRegionsCompKC()所属R语言包：KCsmart

                                         KCsmart Comparative calculate the signficant regions
                                         比较KCsmart计算signficant区域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Extract the significant regions from a compKC object for a given false discovery rate (FDR).
对于一个给定的错误发现率（FDR）中提取的重大区域从compKC对象。


用法----------Usage----------


getSigRegionsCompKC(compKc, fdr=.01, maxRegionGap=10)



参数----------Arguments----------

参数：compKc
A compKc object as created by the 'compareSpmCollection' function  
作为“compareSpmCollection”功能创建一个compKc对象


参数：fdr
The false discovery rate to be used to calculate the significantly different regions from the compKc object  
虚假的发现率，被用来计算从compKc对象的显着不同的区域


参数：maxRegionGap
The maximum number of sample points that is allowed to fall under the threshold in a continuous significant region
允许在一个连续的重大区域下阈值下降的采样点的最大数量


Details

详情----------Details----------

The false discovery rate that is set is used to determine the significant regions. When the compKc object was created by the siggenes method the corresponding cutoff is looked up in the siggenes results table, otherwise it is calculated from the permuted data. The maxRegionGap determines how many sample points can be under this threshold in a continuous significant region.
设置虚假的发现率，用于确定的重大区域。 ，当compKc对象被创建由siggenes方法在“siggenes结果表查找相应的截止，否则将被置换的数据计算。该maxRegionGap确定采样点多少可以根据这个阈值是在一个连续的重大区域。


值----------Value----------

Returns a compKcSigRegions object that contains the significant regions for the given FDR in the 'regionTable' slot. The method used to determine the cutoff, the fdr and the cutoff itself are stored in their corresponding slots. Use 'plot' to visualize the results.
返回一个包含给FDR的“regionTable”槽显着的区域compKcSigRegions对象。使用的方法来确定的截止，FDR和截止本身存储在相应的插槽。使用“图”，以可视化的结果。


作者（S）----------Author(s)----------


Jorma de Ronde



参见----------See Also----------

compareSpmCollection,  getSigRegionsCompKC
compareSpmCollection，getSigRegionsCompKC


举例----------Examples----------


data(hsSampleData)
data(hsMirrorLocs)

spmc1mb <- calcSpmCollection(hsSampleData, hsMirrorLocs, cl=c(rep(0,10),rep(1,10)))
spmcc1mb <- compareSpmCollection(spmc1mb, nperms=3)
spmcc1mbSigRegions <- getSigRegionsCompKC(spmcc1mb)

plot(spmcc1mb, sigRegions=spmcc1mbSigRegions)

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