R语言 ITALICS包 trainITALICS()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

trainITALICS(ITALICS)
trainITALICS()所属R语言包：ITALICS

                                        ITALICS training
                                         斜体培训

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimation of the quartet effect based on several normal sample chips
基于几个正常的芯片样本，四方效应估计


用法----------Usage----------


trainITALICS (dir,  amplicon=2.1, deletion=-3.5, deltaN=0.15, forceGL=c(-0.2,0.2), param=c(d=2), nbsigma=1, ...)



参数----------Arguments----------

参数：dir
The directory containing the normal sample chips. All theses chips should be of the same type hind, xba, nsp or sty. Only .CEL files be considered
该目录包含正常的样品芯片。所有论文的芯片应该是同一类型后，XBA，NSP或麦粒肿。 CEL文件被视为


参数：amplicon
see the amplicon parameter in the daglad function
看到在daglad功能的扩增参数


参数：deletion
see the deletion parameter in the daglad function
看到在删除的daglad功能参数


参数：deltaN
see the deltaN parameter in the daglad function
看到在daglad功能DELTAN参数


参数：forceGL
see the forceGL parameter in the daglad function
看到在daglad功能forceGL参数


参数：param
see the param parameter in the daglad function
看到在daglad功能参数参数


参数：nbsigma
see the nbsigma parameter in the daglad function
看到在daglad功能nbsigma参数


参数：...
Other daglad parameters.
其他daglad参数。


Details

详情----------Details----------

The ITALICS function take into account a quartet effect which is computed on a reference data set of normal women samples. The ITALICSData provide  quartetEffect for the Xba, Hind, Sty and Nsp chip computed on our own reference data set.
斜体功能，考虑到这是正常妇女的样本设置一个参考的数据计算四重奏效果。 ITALICSData提供quartetEffect XBA后，麦粒肿和NSP芯片上我们自己的参考数据集计算。

We recommand that you use your own reference data set to compute the quartet Effect  by using the trainITALICS function. ITALICS reference data should contain only woman normal samples. Furthermore we recommand that you check that none of these chip have obvious spatial artifact. To so read the cel files using the read.affybatch (form the affy package). Then use the image function on the obtain affybatch object.
我们支持建议您使用自己的基准数据，计算由四方使用trainITALICS功能的影响。斜体引用的数据应包含唯一的女性正常样本。此外，我们支持建议您检查，这些芯片都没有明显的空间神器。如此读CEL文件使用的read.affybatch（形成affy包）。然后使用上获得affybatch对象的图像功能。


值----------Value----------

a data.frame with two column fsetid and quartetEffect
与两列fsetid和quartetEffect的数据框


注意----------Note----------

People interested in tools dealing with array CGH analysis and DNA copy number analysis can
阵列比较基因组杂交分析和DNA拷贝数的分析与处理工具有兴趣的人可以


作者（S）----------Author(s)----------


Guillem Rigaill, <a href="mailto:italics@curie.fr">italics@curie.fr</a>.



源----------Source----------

Institut Curie, italics@curie.fr.
居里研究所，italics@curie.fr。

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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