R语言 isobar包 ProteinGroup-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ProteinGroup-class(isobar)
ProteinGroup-class()所属R语言包：isobar

                                        ProteinGroup objects
                                         ProteinGroup对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The ProteinGroup class is a container for identified peptides and  proteins, and groups them to distinguish proteins with specific  peptides.
ProteinGroup类是一个确定的多肽和蛋白质，区分与特定的肽的蛋白质组的容器。


用法----------Usage----------


ProteinGroup(from,template=NULL,proteinInfo=data.frame())

protein.ac(x, protein.g)
protein.g(x, pattern, variables=c("AC","name"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：from
data.frame object to create a ProteinGroup from. See Details from column specifications
data.frame对象从创建一个ProteinGroup。详情请参阅列规格


参数：template
'template' ProteinGroup object for grouping.
“模板”分组ProteinGroup对象。


参数：x
ProteinGroup object
ProteinGroup对象


参数：protein
character string
字串


参数：proteinInfo
data.frame for proteinInfo slot
数据框为proteinInfo插槽


参数：protein.g
character string, denoting a 'protein group'.
字符串，表示“蛋白质组”。


参数：pattern
character string, see grep for details.
字符串，看到grep详情。


参数：variables
AC maps a protein accession code to a protein group. name maps using protein information from proteinInfo.
AC映射的蛋白质加入代码的蛋白质组。 nameproteinInfo图使用蛋白质信息。


参数：...
Passed on to grep.
传递grep。


Details

详情----------Details----------

The ProteinGroup class stores spectrum to peptide to protein mapping.
ProteinGroup类存储频谱肽蛋白质图谱。

The proteins are grouped by their evidence, i. e. peptides:
他们的证据，我的蛋白质进行分组。 E。多肽：

Peptides with changes only from Leucin to Isoleucin are considered the same, as they cannot be distinguished by MS.
只从Leucin Isoleucin变化肽被认为是相同的，因为他们不能被MS区分。

Proteins which are detected with the same peptides are grouped together to a 'indistinguishable protein'- normally these are splice variants.
具有相同的肽检测的蛋白质组合在一起，以“区分protein通常这些都是剪接变异体。

Proteins with specific peptides are 'reporters'.
与特定的肽的蛋白质是“记者”。

Proteins with no specific peptides are grouped under these 'reporters.
没有特定的肽的蛋白质被归入这些“记者。

This information is stored in six slots:
此信息存储在6个插槽：




spectra.n.peptides a named 'character' vector, names
spectra.n.peptides一个名为字符向量，名称




peptide.n.proteins a 'data.frame' containing the
peptide.n.proteins“数据框包含




peptide.n.protein a character 'matrix' linking
peptide.n.protein矩阵的字符连接




indistinguishable.proteins a 'matrix' contain.
indistinguishable.proteinsA矩阵包含。


构造----------Constructor----------

ProteinGroup(tbl.prot.pep,template=NULL): Creates a ProteinGroup object.
ProteinGroup(tbl.prot.pep,template=NULL)：创建ProteinGroup的对象。




tbl.prot.pep A 'data.frame' with three columns:
tbl.prot.pepA数据框有三列：




template Optional ProteinGroup object the grouping
template的可选ProteinGroup对象分组


强迫----------Coercion----------

In the code snippets below, x is a ProteinGroup object.
在下面的代码片段，x是ProteinGroup的对象。

Creates a ProteinGroup object from a data.frame.
创建了一个数据框ProteinGroup的对象。

Creates a data.frame with columns protein (character),
创建列protein（字符）数据框，

.
。


存取----------Accessors----------

In the following code snippets, x is a ProteinGroup object.
在下面的代码片段，x是ProteinGroup的对象。




spectrumToPeptide(x):  Gets spectrum to peptide assignment.
spectrumToPeptide(x)：获取肽分配频谱。




peptideSpecificity(x):  Gets a 'data.frame' containing the peptide specificity: they can be reporter-specific,
peptideSpecificity(x)：获取一个数据框“含肽特异性：他们可以是特定的记者，




peptideNProtein(x):  Gets peptide to protein assignment.
peptideNProtein(x)：获取肽蛋白转让的。

Gets the proteins which cannot be distinguished based on peptide evidence.
获取蛋白质肽证据的基础上，不能区分。




proteinGroupTable:  Gets the protein grouping, listing
proteinGroupTable：获取蛋白质的分组，上市

Gets all peptides detected, or just those for a protein with the defined specificity. columns might define multiple columns of peptideSpecificity(x). set=union returns the union of peptides of all proteins defined, set=intersect returns the intersection.
获取所有检测到的肽，或只是那些与定义的特异性蛋白。 columns可以定义多个列peptideSpecificity(x)。集=联盟返回所有定义的蛋白质肽联盟，设置=相交返回的路口。


作者（S）----------Author(s)----------


Florian P. Breitwieser



参见----------See Also----------

IBSpectra
IBSpectra


举例----------Examples----------



tbl <- data.frame(spectrum=1:14,peptide=c(rep(letters[1:3],4),"a","x"),
                  protein=c(rep(c("A","B"),each=6),"C","D"))
pg <- ProteinGroup(tbl)
pg
proteinGroupTable(pg)

data(ibspiked_set1)
pg <- proteinGroup(ibspiked_set1)
ceru.proteins <- protein.g(pg,"CERU")

## all ceru peptides[＃所有ceru肽]
peptides(pg,ceru.proteins)

## peptides shared by all ceru proteins[＃所有ceru蛋白肽共享]
peptides(pg,ceru.proteins, set=intersect)


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