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isobar-analysis(isobar)
isobar-analysis()所属R语言包：isobar

                                        IBSpectra analysis: Protein and peptide ratio calculation
                                         IBSpectra分析：蛋白质和多肽的比例计算

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates the relative abundance of a peptide or protein in one tag compared to another.
计算相比，另一个在一个标记的肽或蛋白质的相对丰度。


用法----------Usage----------


estimateRatio(ibspectra, noise.model = NULL, channel1, channel2, protein, peptide, ...)
estimateRatioForPeptide(peptide, ibspectra, noise.model, channel1, channel2, combine = TRUE, ...)
estimateRatioForProtein(protein, ibspectra, noise.model, channel1, channel2, combine = TRUE, method = "isobar", specificity = REPORTERSPECIFIC, quant.w.grouppeptides = NULL, ...)

## S4 method for signature 'numeric,numeric,missing'
estimateRatioNumeric(channel1,channel2,summarize.f=median, ...)

## S4 method for signature 'numeric,numeric,NoiseModel'
estimateRatioNumeric(channel1,channel2,noise.model,ratiodistr=NULL,variance.function="maxi",
                                                            sign.level=0.05,sign.level.rat=sign.level,sign.level.sample=sign.level,
                                                            remove.outliers=TRUE,outliers.coef=1,outliers.trim=0,
                                                            n.sample=NULL,method="isobar",fc.threshold=1.3,
                                                            channel1.raw=NULL,channel2.raw=NULL,use.na=FALSE)

## S4 method for signature 'IBSpectra,ANY,character,character,character,missing'
estimateRatio(ibspectra,noise.model,channel1,channel2,
                                                                              protein,peptide,...)

## S4 method for signature 'IBSpectra,ANY,character,character,character,NULL'
estimateRatio(ibspectra,noise.model,channel1,channel2,
                                                                           protein,peptide=NULL,...)

## S4 method for signature 'IBSpectra,ANY,character,character,missing,character'
estimateRatio(ibspectra,noise.model,channel1,channel2,protein,peptide,...)
## S4 method for signature 'IBSpectra,ANY,character,character,NULL,character'
estimateRatio(ibspectra,noise.model,channel1,channel2,protein=NULL,peptide,...)




参数----------Arguments----------

参数：ibspectra
IBSpectra object.   
IBSpectra对象。


参数：noise.model
NoiseModel object.
NoiseModel对象。


参数：channel1
Tag channel 1.  Can either be a character denoting a 'reporter name' or a numeric vector whose value should be summarized.Ratio is calculated as channel2/channel1.  
标签通道1。可以是一个字符表示一个“名记者”或数字向量，其价值应该是summarized.Ratio是作为channel2/channel1计算。


参数：channel2
Tag channel 2. Can either be a character denoting a 'reporter name' or a numeric vector whose value should be summarized. Ratio is calculated as channel2/channel1.  
标签通道2。可以是一个字符表示一个记者的名字，或一个数值向量，其值应总结。比是作为channel2/channel1计算。


参数：protein
Protein(s) of interest. If present, channel1 and channel2  must be reporter names. Provide either proteins or peptides.   
蛋白（S）的利益。如果存在，通道1和通道必须是记者的名字。提供任何蛋白质或多肽。


参数：peptide
Peptide(s) of interest. If present, channel1 and channel2  must be reporter names. Provide either proteins or peptides.  
肽（S）的利益。如果存在，通道1和通道必须是记者的名字。提供任何蛋白质或多肽。


参数：combine
If true, a single ratio is returned even for multiple peptides/spectra. If false, a data.frame with a row for each peptide/protein is returned.
如果为true，返回一个单一的比例甚至多个肽/光谱。如果为false，则返回与一排每个肽/蛋白质数据框。


参数：specificity
See specificities.  
看到specificities。


参数：quant.w.grouppeptides
Proteins which should be quantified with group specific peptides. Normally, only reporter specific peptides are used.
应量化组特定的肽的蛋白质。通常情况下，只有特定的肽记者。


参数：ratiodistr
distr object of ratio distribution.
distr对象的比例分配。


参数：variance.function
Defines how the variance for ratio is calculated.  'ev' is the estimator variance and thus 1/sum(1/variances). 'wsv' is the weighted sample variance. 'maxi' method takes the maximum of the former two variances.  
定义如何计算方差比。 “EV”的估计方差，从而1/sum的（1/variances）。 “WSV”加权样本方差。 “MAXI”的方法，前两个差异最大。


参数：sign.level
Significiance level.  
significiance水平。


参数：sign.level.rat
Signal p-value significiance level.  
信号p值significiance水平的。


参数：sign.level.sample
Sample p-value significiance level.  
样品P-的价值significiance水平。


参数：remove.outliers
Should outliers be removed?  
离群应该被删除？


参数：outliers.coef
outliers removal by boxplot.stats, see coef in  boxplot.stats.
离群由boxplot.stats去除，看到boxplot.stats系数。


参数：outliers.trim
If this value is not zero, outliers will be removed using trimmed mean approach.
如果此值不为零，离群使用修剪平均方法将被删除。


参数：n.sample
For testing purposes: Only take a subset (sample) of the data.
出于测试目的：只需要一个数据子集（样本）。


参数：method
method taken for ratio computation and selection: one of 'isobar','libra','multiq','pep','ttest' and 'compare.all'.  
方法采取比例计算和选择：“压线”，“天秤座”，“multiq”，“打气”，“TTEST”和“compare.all。


参数：fc.threshold
When method equals fc, takes this as fold change threshold.  
当方法等于FC，这是褶皱的变化阈值。


参数：summarize.f
A method for summarizing spectrum ratios when no other  information is available. For example median or mean.  
总结时，没有其他的信息是可用的频谱比方法。例如median或mean。


参数：channel1.raw
When given, noise estimation is based on channel1.raw and channel2.raw.  These are the intensities of the channels before normalization.  
当给定，噪声估计是基于上channel1.raw和channel2.raw。这些渠道标准化前的强度。


参数：channel2.raw
See channel1.raw.  
看到channel1.raw。


参数：use.na
Use NA values to calculate ratio. Experimental.  
使用无值来计算的比率。实验。


参数：...
Passed down to estimateRatioNumeric methods.
流传estimateRatioNumeric的方法。


值----------Value----------

In general, a named character vector with the following elements: - lratio: log ratio - variance - n.spectra: number of spectra available in the ratio calculation - p.value.rat: Signal p-value. NA if called w/o ratiodistr - p.value.sample: Sample p-value. NA if called w/o ratiodistr - is.significant: NA if called w/o ratiodistr
在一般情况下，具有下列元素命名的特征向量： -  lratio：log比 - 方差 -  n.spectra：数的比例计算光谱 -  p.value.rat：信号的p值。不适用，如果称为W / O ratiodistr  -  p.value.sample：样品的p值。不适用，如果称为W / O ratiodistr  -  is.significant：NA如果称为W / O ratiodistr

If combine=FALSE, estimateRatio returns a data.frame, with columns as  described above.
如果结合= FALSE，estimateRatio返回如上所述的列数据框。


作者（S）----------Author(s)----------


Florian P. Breitwieser, Jacques Colinge



参见----------See Also----------

ProteinGroup, IBSpectra, isobar-preprocessing, isobar-plots proteinRatios
ProteinGroup，IBSpectra，压线，预处理，等压线图proteinRatios


举例----------Examples----------



  data(ibspiked_set1)
  data(noise.model.hcd)
  ceru.human <- protein.g(proteinGroup(ibspiked_set1),"CERU_HUMAN")
  ceru.rat <- protein.g(proteinGroup(ibspiked_set1),"CERU_RAT")
  ceru.mouse <- protein.g(proteinGroup(ibspiked_set1),"CERU_MOUSE")
  ceru.proteins <- c(ceru.human,ceru.rat,ceru.mouse)

## Calculate ratio based on all spectra of peptides specific [＃计算比例的基础上所有的肽特定的光谱]
##  to CERU_HUMAN, CERU_RAT or CERU_MOUSE. Returns a named[＃CERU_HUMAN，CERU_RAT或CERU_MOUSE。返回一个名为]
##  numeric vector.[＃数字向量。]
10^estimateRatio(ibspiked_set1,noise.model.hcd,
                 channel1="114",channel2="115",
                 protein=ceru.proteins)['lratio']

## If argument 'combine=FALSE', estimateRatio returns a data.frame [＃如果参数为FALSE相结合，estimateRatio返回数据框]
##  with one row per protein[＃每一个蛋白质一行]
10^estimateRatio(ibspiked_set1,noise.model.hcd,
                 channel1="114",channel2="115",
                 protein=ceru.proteins,combine=FALSE)[,'lratio']
## spiked material channel 115 vs 114: [＃尖刺材料渠道115比114：]
##                 CERU_HUMAN (P00450): 1[，＃CERU_HUMAN（P00450）：1]
##                 CERU_RAT   (P13635): 2[，＃CERU_RAT（P13635）：2]
##                 CERU_MOUSE (Q61147): 0.5[，＃CERU_MOUSE（Q61147）：0.5]


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