peakreg(iSeq)
peakreg()所属R语言包：iSeq
Call and merge enriched genomic windows/bins.
打检测和合并丰富的基因组窗口/箱。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A function used to call and merge enriched bins using the posterior probability calculated by iSeq1 or iSeq2 functions at certain posterior probability and false discovery rate (FDR) cutoffs.
函数调用和使用后验概率计算在一定的后验概率和错误发现率（FDR）截止iSeq1或iSeq2职能合并丰富的垃圾箱。
用法----------Usage----------
peakreg(chrpos,count,pp,cutoff,method=c("ppcut","fdrcut"),maxgap=300)
参数----------Arguments----------
参数：chrpos
A n by 3 matrix or data frame. The rows correspond to genomic bins. The first column contains chromosome IDs; the second and third columns contain the start and end positions of the bin, respectively.
一个由3矩阵或数据框N。行对应的基因组箱。第一列包含染色体的ID，第二和第三列包含垃圾桶的开始和结束位置，分别。
参数：count
A n by 2 matrix containing the number of sequence tags in the bins specified by chrpos. The first column contains the tag counts for chain 1 (usually the forward chain), and the second column contains the tag counts for chain 2 (usually the reverse chain). See the document of the function 'mergetag' for the definition of chain 1 and 2. The function uses the information in 'count' to find the center of the enriched regions, where the true binding sites are usually located.
由2矩阵包含序列标签的在由chrpos指定的垃圾箱数量N。第一列包含链1（通常是正向链）标记计数，第二列包含2链（通常是反向链）标记计数。看到功能mergetag 1和第2链的定义的文件。在“计数”功能使用的信息找到富集的区域，其中真正的结合位点通常位于市中心。
参数：pp
A vector containing the posterior probabilities of bins in the enriched state returned by functions iSeq1 or iSeq2.
返回功能iSeq1或iSeq2一个向量，箱中的富集状态的后验概率。
参数：cutoff
The cutoff value (a scalar) used to call enriched bins. If use posterior probability as a criterion (method="ppcut"), a bin is said to be enriched if its pp is greater than the cutoff. If use FDR as a criterion (method="fdrcut"), bins are said to be enriched if the bin-based FDR is less than the cutoff. The FDR is calculated using a direct posterior probability approach (Newton et al., 2004).
临界值（标量）用于调用丰富的垃圾箱。如果使用后验概率，作为一个标准（方法=“ppcut）的bin被说成是丰富的，如果它的PP是大于截止。如果使用FDR=“fdrcut”）作为一个标准（方法，垃圾桶说要丰富，如果滨为基础的FDR是小于截止。FDR是使用直接的后验概率方法（牛顿等人，2004年）计算。
参数：method
'ppcut' or 'fdrcut'.
期ppcut或fdrcut。
参数：maxgap
The criterion used to merge enriched bins. If the genomic distance of adjacent bins is less than maxgap, the bins will be merged into the same enriched region.
该标准用于合并丰富的垃圾箱。如果相邻的垃圾桶基因距离是少比maxgap，垃圾箱将被合并到相同的富集区域。
值----------Value----------
A data frame with rows corresponding to enriched regions and columns corresponding to the following:
具有丰富的区域和列对应以下行相应的数据框：
参数：chr
Chromosome IDs.
染色体的ID。
参数：gstart
The start genomic position of the enriched region.
富集的区域开始基因组的位置。
参数：gend
The end genomic position of the enriched region.
富集的区域年底的基因组的位置。
参数：rstart
The row number for gstart in chrpos.
行数为gstart在chrpos的。
参数：rend
The row number for gend in chrpos.
行数为gend在chrpos的。
参数：peakpos
The inferred center (peak) of the enriched region.
推断的中心（峰值）的富集区。
参数：meanpp
The mean posterior probability of the merged regions/bins.
合并后的区域/箱平均后验概率。
参数：ct1
total tag counts for the region from gstart to gend for the chain corresponding to count[,1]; ct1=sum(count[rstart:rend,1])
从gstart区域以gend链相应的数[1]总标签数; CT1 = SUM（计数[RSTART：撕裂，1]）
参数：ct2
total tag counts for the region from gstart to gend for the chain corresponding to count[,1]; ct2=sum(count[rstart:rend,2])
从gstart区域以gend链相应的数[1]总标签数; CT2 = SUM（计数[RSTART：撕裂，2）
参数：ct12
ct12 = ct1 + ct2
CT12 = CT1 + CT2
参数：sym
A parameter used to measure if the forward and reverse tag counts are symmetrical (or balanced) in enriched regions. The values range from 0.5 (perfect symmetry) to 0 (complete asymmetry).
使用一个参数来衡量，如果是对称的正向和反向的标签计数富集区域（或平衡）。值的范围从0.5（完美对称）0（完成不对称）。
作者（S）----------Author(s)----------
Qianxing Mo <a href="mailto:moq@mskcc.org">moq@mskcc.org</a>
参考文献----------References----------
data analysis. Biostatistics, Advance Access published September 13, 2011. doi:10.1093/biostatistics/kxr029
differential gene expression with a semiparametric hierarchical mixture method. Biostatistics 5 , 155-176.
参见----------See Also----------
iSeq1, iSeq2, mergetag,plotreg
iSeq1，iSeq2，mergetag，plotreg
举例----------Examples----------
data(nrsf)
chip = rbind(nrsf$chipFC1592,nrsf$chipFC1862,nrsf$chipFC2002)
mock = rbind(nrsf$mockFC1592,nrsf$mockFC1862,nrsf$mockFC2002)
tagct = mergetag(chip=chip,control=mock,maxlen=80,minlen=10,ntagcut=20)
tagct22 = tagct[tagct[,1]=="chr22",]
res1 = iSeq1(Y=tagct22[,1:4],gap=200,burnin=200,sampling=500,ctcut=0.95,a0=1,b0=1,
a1=5,b1=1, k0=3,mink=0,maxk=10,normsd=0.1,verbose=FALSE)
reg1 = peakreg(tagct22[,1:3],tagct22[,5:6]-tagct22[,7:8],res1$pp,0.5,
method="ppcut",maxgap=200)
reg2 = peakreg(tagct22[,1:3],tagct22[,5:6]-tagct22[,7:8],res1$pp,0.05,
method="fdrcut",maxgap=200)
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发表于 2012-2-25 22:35:02
