R语言 inSilicoDb包 getDataset()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getDataset(inSilicoDb)
getDataset()所属R语言包：inSilicoDb

                                        Get dataset in ExpressionSet format
                                         获取数据集在ExpressionSet格式

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get dataset for a given series GSE and platform GPL identifier in Bioconductors ExpressionSet format
获取数据集为一个系列GSE和平台在Bioconductors ExpressionSet格式的GPL标识符


用法----------Usage----------


getDataset(gse, gpl, norm="ORIGINAL", genes=FALSE);



参数----------Arguments----------

参数：gse
Valid series GSE identifier.
有效一系列GSE标识符。


参数：gpl
Valid platform GPL identifier.
有效的平台GPL标识符。


参数：norm
Required preprocessing method. Currently available options are ORIGINAL and FRMA. The ORIGINAL normalization is how the original authors submitted it to Gene Expression Omnibus (GEO). This data is always available and is therefore the default option. The availability of FRMA normalization depends on the availability of the CEL files by the original authors.
需要预处理方法。目前可用的选项是原始和FRMA的。原标准化是原作者如何提交基因表达的综合“（GEO）。这个数据始终是可用的，因此是默认选项。 FRMA标准化的可用性取决于原作者CEL文件的可用性。


参数：genes
By default a gene expression matrix containing probes is returned. Precomputed conversions using genes instead of probes are also available if this argument is set to TRUE. This conversion was made using the nsFilter function from Bioconductors genefilter package.
默认情况下，基因表达矩阵包含探针返回。如果该参数设置为TRUE，也可预先计算转换的探针，而不是使用基因。这种转换使用BioconductorsnsFilter包genefilter功能。


值----------Value----------

A Bioconductors ExpressionSet
一个Bioconductors ExpressionSet


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  gse = "GSE4635";
  platforms = getPlatforms(gse);
  eset = getDataset(gse,platforms[[1]],norm="ORIGINAL",genes=FALSE);
  print(dim(eset));
  ## Features  Samples [＃特色样品]
  ##    22283        8 [＃22283 8]
  eset = getDataset(gse,platforms[[1]],norm="ORIGINAL",genes=TRUE);
  print(dim(eset));
  ## Features  Samples [＃特色样品]
  ##    12679        8 [＃12679 8]


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