R语言 imageHTS包 segmentWells()函数中文帮助文档(中英文对照)

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segmentWells(imageHTS)
segmentWells()所属R语言包：imageHTS

                                        Segment cells in well images
                                         以及图像中的部分单元

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Segment cells in well images.
以及图像中的部分单元。


用法----------Usage----------


segmentWells(x, uname, segmentationPar, access='cache', writeData=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.
一个imageHTS对象。


参数：uname
A character vector, containing the well names to segment. See getUnames for details.
一个特征向量，以及名称包含段。看到getUnames详情。


参数：segmentationPar
A character string, indicating the filename containing the segmentation parameters.
一个字符串，包含分割参数表示文件名。


参数：access
A character string indicating how to access the data. Valid values are local, server and cache, the default. See fileHTS for details.
一个字符串，指示如何访问数据。有效的值是local，server和cache，默认。看到fileHTS详情。


参数：writeData
A boolean indicating whether the segmentation data should be written to the project directory. Default is TRUE.
一个布尔值，指示是否应写入项目目录分割数据。默认TRUE。


Details

详情----------Details----------

segmentWells reads the DCF segmentation parameters file pointed by segmentationPar. The file must contain the core segmentation function name indicated in the seg.method field. For each well indicated by uname, segmentWells calls the core segmentation function which returns a list containing a list of three EBImage images: cal, the calibrated image; nseg, the nucleus mask and cseg, the cell mask. See segmentATH for an example of a core segmentation function.
segmentWells读取文件指出segmentationParDCF的分割参数。该文件必须包含的核心分割功能名称seg.method场中表示。对于每个uname，segmentWells调用核心分割函数返回一个列表，其中包含了3EBImage图像列表显示：cal，校准的形象，“<X >，核面具和nseg，单元面膜。看到cseg为核心分割功能的一个例子。

If writeData is TRUE, segmentWells writes for each well indicated by uname: the calibrated image data cal, the segmentation data seg, a calibrated JPEG image viewfull, untiled JPEG images viewunmonted, a calibrated JPEG image with segmentation annotation viewseg, a thumbnail JPEG image viewthumb and Javascript segmentation contour information contour. See fileHTS for details about these files.
writeData如果是TRUE，segmentWells写每口井：校准的图像数据uname，分割数据cal，seg表示校准JPEG图像viewfull，未平铺JPEG图像viewunmonted，一个校准的JPEG图像分割标注viewseg，缩略图的JPEG图像viewthumb和Javascript分割轮廓信息contour 。看到fileHTS有关这些文件的详细信息。


值----------Value----------

If uname is of length 1, returns an invisible list containing: cal, the calibrated image; nseg, the nucleus mask and cseg, the cell mask.
uname如果长度为1，返回一个无形的列表，其中包含：cal，校准的形象，“nseg，核面具和cseg，单元面膜。


作者（S）----------Author(s)----------



Gregoire Pau, <a href="mailto:gregoire.pau@embl.de">gregoire.pau@embl.de</a>, 2010




参见----------See Also----------

segmentATH, getUnames, fileHTS
segmentATH，getUnames，fileHTS


举例----------Examples----------


## initialize imageHTS object using the local submorph screen[＃初始化imageHTS对象使用当地submorph屏幕。]
local = tempdir()
server = system.file('submorph', package='imageHTS')
x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=local, serverURL=server)
x = configure(x, 'conf/description.txt', 'conf/plateconf.txt', 'conf/screenlog.txt')

## segment one well[＃段一口井]
uname = getUnames(x, content='rluc')[1]
z = segmentWells(x, uname=uname, segmentationPar='conf/segmentationpar.txt', writeData=FALSE)
if (interactive()) {
  seg = highlightSegmentation(z$cal, z$nseg, z$cseg)
  display(seg)
}

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