R语言 imageHTS包 segmentATH()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

segmentATH(imageHTS)
segmentATH()所属R语言包：imageHTS

                                        Segmentation and quantification of cells stained for DNA, actin and tubulin.
                                         染色的DNA，肌动蛋白和微管蛋白单元的分割和量化。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

segmentATH and getCellFtrsATH are segmentation and feature extraction functions designed for cell images stained for DNA, actin and tubulin.
segmentATH和getCellFtrsATH分割和特征提取DNA，肌动蛋白和微管蛋白染色的单元图像设计功能。


用法----------Usage----------


segmentATH(x, uname, p, access)
getCellFtrsATH(cal, seg)



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.
一个imageHTS对象。


参数：uname
A character string, containing the well name to segment.
一个字符串，包含井段的名称。


参数：p
A list of character vectors, containing the segmentation parameters. This is the output of parseDCF, given an input segmentation configuration file.  
特征向量的一个列表，包含分割参数。这是parseDCF的输出，输入分割的配置文件。


参数：access
A character string indicating how to access the data. Valid values are local, server and cache, the default. See fileHTS for details.
一个字符串，指示如何访问数据。有效的值是local，server和cache，默认。看到fileHTS详情。


参数：cal
An EBImage image object containing the calibrated image.
一个EBImage图像对象，包含校准形象。


参数：seg
A list of two EBImage image objects: cseg, the cell segmentation mask and nseg, the nucleus segmentation mask.
cseg，单元分割面具和nseg，核分割面膜：两个EBImage图像对象名单。


Details

详情----------Details----------

segmentATH is a segmentation function that can be specified in the seg.method field of a segmentation configuration file, called by the higher-level function segmentWells.
segmentATH是seg.method场分割配置文件称为更高层次的功能segmentWells，可以在指定的分割功能。

getCellFtrsATH is a feature extraction function that can be specified in the extractfeatures.method field of a feature configuration file, called by the higher-level function extractFeatures.
getCellFtrsATHextractfeatures.method领域的功能配置文件称为更高层次的功能extractFeatures，可以在指定的是特征提取功能。


值----------Value----------

segmentATH returns a list containing three EBImage images: cal, the calibrated image; nseg, the  nucleus mask and cseg, the cell mask.
segmentATH返回一个列表，其中包含3EBImage图片：cal，校准的图像;nseg，核面具和cseg，单元面膜。

getCellFtrsATH returns a data frame containing the cell features.
getCellFtrsATH返回一个数据框包含的单元功能。


作者（S）----------Author(s)----------



Gregoire Pau, <a href="mailto:gregoire.pau@embl.de">gregoire.pau@embl.de</a>, 2010




参见----------See Also----------

parseDCF, segmentWells, extractFeatures
parseDCF，segmentWells，extractFeatures


举例----------Examples----------


## see segmentWells and extractFeatures[＃看到segmentWells和extractFeatures。]

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