R语言 imageHTS包 makeCellHTS()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

makeCellHTS(imageHTS)
makeCellHTS()所属R语言包：imageHTS

                                        Segmentation of yeast cells and ring-shaped objects.
                                         酵母单元的分割和环形对象。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

makeCellHTS creates a cellHTS2 object.
makeCellHTS创建一个cellHTS2对象。


用法----------Usage----------


makeCellHTS(x, profiles, measurementNames, name)



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.
一个imageHTS对象。


参数：profiles
A data frame containing the phenotypic profiles. See Details.
一个数据框包含的表型剖面。查看详细信息。


参数：measurementNames
An optional character vector containing the measurement names. If missing, column names of profiles are used.
一个可选的特征向量包含测量名称。如果失踪，列名profiles用于。


参数：name
An optional character string containing the name of the assay.  
一个可选的字符串，其中包含该法的名称。


Details

详情----------Details----------

profiles is a data frame containing the phenotypic profiles, usually returned by summarizeWells or readHTS. Since cellHTS2 cannot handle large report, the dimension of the profiles must be lower than 10. This is usually done by subsetting columns or by dimension reduction.
profiles是一个数据框包含的表型剖面，通常返回summarizeWells或readHTS。由于cellHTS2无法处理大型报表，型材的尺寸必须低于10。这通常是由子集列或降维。


值----------Value----------

Returns a cellHTS2 object.
返回cellHTS2对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Gregoire Pau, <a href="mailto:gregoire.pau@embl.de">gregoire.pau@embl.de</a>, 2010




参见----------See Also----------

summarizeWells, installWebQuery
summarizeWells，installWebQuery


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
   ## initialize kimorph object[＃初始化kimorph对象]
   localPath = file.path(tempdir(), 'kimorph')
   serverURL = 'http://www.ebi.ac.uk/~gpau/imageHTS/screens/kimorph'
   x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=localPath, serverURL=serverURL)
   x = configure(x, 'conf/description.txt', 'conf/plateconf.txt', 'conf/screenlog.txt')
   x = annotate(x, 'conf/annotation.txt')
   
   ## get profiles[＃得到型材]
   profiles = readHTS(x, type='file', filename='data/profiles.tab', format='tab')

   ## prepare cellHTS2 report[＃准备cellHTS2报告。]
   ft = c('med.c.t.m.int', 'med.c.g.ss', 'med.c.g.ec', 'med.n.h.m.int', 'med.c.a.m.int')
   measurementNames = c('tubulin intensity', 'cell size', 'cell eccentricity', 'dna intensity', 'actin intensity')
   y = makeCellHTS(x, profiles[,c('uname', ft)], measurementNames=measurementNames, name='kimorph')
   pathConf = file.path(localPath, 'conf')
   y = configure(y, 'description.txt', 'plateconf.txt', 'screenlog.txt', path=pathConf)
   y = annotate(y, 'annotation.txt', path=pathConf)
   yn = normalizePlates(y, scale='multiplicative', log=FALSE,
   method='median', varianceAdjust='none')

   ## write cellHTS2 report[＃写cellHTS2报告。]
   se = getSettings()
   se$plateList$intensities$include = TRUE
   setSettings(se)
   writeReport(raw=y, normalized=yn, outdir='report-cellHTS2', force=TRUE)
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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