R语言 imageHTS包 fileHTS()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

fileHTS(imageHTS)
fileHTS()所属R语言包：imageHTS

                                        Get access to screen data files
                                         进入到屏幕上的数据文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

fileHTS builds the path or URL pointing to a screen data file. readHTS reads the file pointed by fileHTS.
fileHTS建立指着屏幕上的数据文件路径或URL。 readHTS读取文件指出fileHTS。


用法----------Usage----------


  fileHTS(x, type, ..., createPath=FALSE, access='cache')
  readHTS(x, type, ..., access='cache', format=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.
一个imageHTS对象。


参数：type
A character vector, indicating the requested file type. See Details.
一个特征向量，表示请求的文件类型。查看详细信息。


参数：...
Optional arguments. See Details.
可选参数。查看详细信息。


参数：createPath
A logical value specifying if the directories along the path should be created. Default is FALSE.
应建立一个逻辑值，如果沿路径指定的目录。默认FALSE。


参数：access
A character string indicating how to access the data. Valid values are cache (the default), local and server. See Details.
一个字符串，指示如何访问数据。有效值是cache（默认），local和server。查看详细信息。


参数：format
An optional character string indicating the format of the designated file. Valid formats are tab, a tab-separated file with headers; rda, a R data file; dcf, an imageHTS DCF configuration file.
一个可选的字符串，显示指定文件的格式。有效的格式是tab头一个制表符分隔的文件;rda，R的数据文件;dcf，一个imageHTS DCF配置文件。


Details

详情----------Details----------

In imageHTS, all screen data files are accessed through the function fileHTS. Screen data can be accessed at two locations: the localPath, which is local writable directory, and serverURL, which is a server URL. localPath and serverURL are set during the instantiation of the imageHTS object with parseImageConf.
在imageHTS，所有画面数据文件的访问通过函数fileHTS。屏幕数据可以在两个位置访问：localPath，这是当地的可写目录，serverURL，这是一个服务器的URL。 localPath和serverURLimageHTS与parseImageConf对象的实例化过程中设置。

If access equals local, fileHTS returns a local path pointing to the requested file. If server, fileHTS returns a server URL pointing to the requested file. If cache (the default), fileHTS tests if the file is present at the local path. If not, fileHTS tries to download the file from the server and copies it in the local path. fileHTS always returns a local path if access equals cache.
如果access等于local，fileHTS返回一个指向所需的文件的本地路径。如果server，fileHTS返回一个服务器的URL指向所需的文件。如果cache（默认），fileHTS测试，如果该文件是在目前的本地路径。如果没有，fileHTS试图从服务器上下载文件，并复制它在本地路径。 fileHTS总是返回一个本地路径，如果“access等于cache的。

A file is designated by its type and optional arguments. Known file types are:
其type和可选的参数指定一个文件。已知的文件类型有：

file: general-purpose file. The character string filename indicates its path, relative to the project directory. File format is unspecified.
file：通用文件。字符串filename表明其相对路径到项目目录。文件格式是不确定的。

source: source image, designated by the character string uname and the numeric channel. File format is unspecified.
source：源图像，指定字符串uname和数字channel。文件格式是不确定的。

cal: calibrated image, designated by the character string uname. The file is a R data file which contains an EBImage image object.
cal：校正图像，指定字符串uname。该文件是一个R的数据文件，其中包含EBImage图像对象。

seg: segmentation data, designated by the character string uname. The file is a R data file which contains a list of two EBImage image objects: cseg containing the cell mask and nseg the nucleus mask.
seg：分割数据，指定字符串uname。该文件是一个R的数据文件，其中包含两个EBImage图像对象名单：cseg含有单元面膜和nseg核面具。

ftrs: cell features, designated by the character string uname. The file is a tab-separated file which contains the cell features.
ftrs：单元的功能，指定字符串uname。该文件是一个制表符分隔的文件，其中包含了单元的功能。

clabels: cell labels, designated by the character string uname. The file is a tab-separated file which contains the cell labels.
clabels：电池标签，指定字符串uname。该文件是一个制表符分隔的文件，其中包含单元的标签。

viewfull: calibrated JPEG image, designated by the character string uname. The file is a JPEG image.
viewfull：校准JPEG图像，指定字符串uname。该文件是一个JPEG图像。

viewunmonted: spot-untiled calibrated JPEG image, designated by the character string uname and the spot number spot. The file is a JPEG image.
viewunmonted：现场未平铺校正JPEG图像，由字符串uname和现货数量spot指定。该文件是一个JPEG图像。

viewseg: segmented JPEG image, designated by the character string uname. The file is a JPEG image.
viewseg：JPEG图像分割，指定字符串uname。该文件是一个JPEG图像。

viewthumb: thumbnail JPEG image, designated by the character string uname. The file is a JPEG image.
viewthumb：JPEG图像的缩略图，指定字符串uname。该文件是一个JPEG图像。

readHTS reads and returns the corresponding file. format must be specified if type is file or source.
readHTS读取并返回相应的文件。 format必须指定type如果file或source。


值----------Value----------

fileHTS returns a character vector containing the path or URL of the requested file. readHTS returns the content of the requested file.
fileHTS返回一个包含请求的文件路径或网址的特征向量。 readHTS返回所请求的文件的内容。


作者（S）----------Author(s)----------



Gregoire Pau, <a href="mailto:gregoire.pau@embl.de">gregoire.pau@embl.de</a>, 2010




参见----------See Also----------

parseImageConf, getUnames
parseImageConf，getUnames


举例----------Examples----------


## initialize imageHTS object using the local submorph screen[＃初始化imageHTS对象使用当地submorph屏幕。]
local = tempdir()
server = system.file('submorph', package='imageHTS')
x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=local, serverURL=server)

## fileHTS and readHTS examples[的＃fileHTS和readHTS例子]
fileHTS(x, 'file', filename='conf/imageconf.txt')
fileHTS(x, 'source', uname='001-01-C05', channel=1)
readHTS(x, 'file', filename='conf/featurepar.txt', format='dcf')

## initialize imageHTS object using the remote kimorph screen[＃初始化imageHTS对象使用远程kimorph屏幕。]
local = tempdir()
server = 'http://www.ebi.ac.uk/~gpau/imageHTS/screens/kimorph'
x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=local, serverURL=server)

## get cell features for well '002-02-D06'[＃得到单元的功能，以及002-02-D06“]
f = readHTS(x, 'ftrs', uname='002-02-D06')
cat('nb cells=', nrow(f), '\n')

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