R语言 imageHTS包 extractFeatures()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

extractFeatures(imageHTS)
extractFeatures()所属R语言包：imageHTS

                                        Extract features from segmented images.
                                         从分割图像提取特征。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Extract features from segmented images.
从分割图像提取特征。


用法----------Usage----------


extractFeatures(x, uname, featurePar, access='cache')



参数----------Arguments----------

参数：x
An imageHTS object.
一个imageHTS对象。


参数：uname
a character vector, containing the well names to segment. See getUnames for details.
一个字符向量，以及名称包含段。看到getUnames详情。


参数：featurePar
a character string, indicating the filename containing the feature extraction parameters.
一个字符串，包含特征提取参数表示文件名。


参数：access
A character string indicating how to access the data. Valid values are local, server and cache, the default. See fileHTS for details.
一个字符串，指示如何访问数据。有效的值是local，server和cache，默认。看到fileHTS详情。


Details

详情----------Details----------

extractFeatures reads the DCF segmentation parameters file pointed by featurePar. The file must contain the field extractfeatures.method that indicates which core feature extraction function to use. The function takes two arguments: cal, the calibrated image to extract the features from, and seg, a list of two images, cseg and nseg, which contains the cell and nucleus segmentation masks, respectively. The function returns a matrix of features. See getCellFtrsATH for example.
extractFeatures读取文件指出featureParDCF的分割参数。该文件必须包含extractfeatures.method，表示使用的核心特征提取功能的领域。该函数有两个参数：cal，校准图像提取特征，seg，两个图像列表，cseg和nseg，其中包含了单元和单元核分割口罩，分别。该函数返回一个矩阵的功能。看到getCellFtrsATH。

For each well, extractFeatures writes a ftrs segmentation data file that contains the cell features. Use readHTS or collectCellFeatures to get the cell features after extraction.
每口井，extractFeatures写ftrs分割的数据文件，它包含的单元功能。使用readHTS或collectCellFeatures后提取单元的功能。


值----------Value----------

None.
没有。


作者（S）----------Author(s)----------



Gregoire Pau, <a href="mailto:gregoire.pau@embl.de">gregoire.pau@embl.de</a>, 2010




参见----------See Also----------

getCellFtrsATH, fileHTS, collectCellFeatures
getCellFtrsATH，fileHTS，collectCellFeatures


举例----------Examples----------


## initialize imageHTS object using the local submorph screen[＃初始化imageHTS对象使用当地submorph屏幕。]
local = tempdir()
server = system.file('submorph', package='imageHTS')
x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=local, serverURL=server)
x = configure(x, 'conf/description.txt', 'conf/plateconf.txt', 'conf/screenlog.txt')

## segment one well[＃段一口井]
uname = getUnames(x, content='rluc')[1]
segmentWells(x, uname=uname, segmentationPar='conf/segmentationpar.txt')

## extract features from the well[＃从井中提取功能]
extractFeatures(x, uname=uname, 'conf/featurepar.txt')

## read the feature file using readHTS[＃阅读功能，文件使用readHTS]
y = readHTS(x, type='ftrs', uname=uname)

## get features using collectCellFeatures[＃功能使用collectCellFeatures]
y = collectCellFeatures(x, uname=uname)

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