R语言 HTSanalyzeR包 viewEnrichMap()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

viewEnrichMap(HTSanalyzeR)
viewEnrichMap()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Plot a figure of the enrichment map for GSEA or Hypergeometric tests
                                         丰富的的GSEA或超几何测试图的绘制图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a generic function.
这是一个通用的功能。

When implemented as the S4 method for objects of class GSCA, this function  will plot an enrichment map for GSEA or Hypergeometric test results.  
当实施为S4方法类GSCA，此功能将绘制一个的GSEA或超几何测试结果的富集图的对象。

To use this function for objects of class GSCA:
使用此功能的类对象GSCA：

viewEnrichMap(object, resultName="GSEA.results", gscs, ntop=NULL,  allSig=TRUE, gsNameType="id", displayEdgeLabel=TRUE, layout= "layout.fruchterman.reingold")
viewEnrichMap（对象resultName =“GSEA.results”GSCS，NTOP = NULL，allSig = TRUE，gsNameType =“身份证”，displayEdgeLabel = TRUE，布局=“layout.fruchterman.reingold”）


用法----------Usage----------


viewEnrichMap(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object. When this function is implemented as the S4 method of class GSCA,  this argument is an object of class GSCA.  
一个对象。作为的S4类方法实现此功能时，GSCA，这种说法是一种类GSCA的对象。


参数：...
other arguments. (see below for the arguments supported by the method of class GSCA)  
其他参数。 （见下面的类的方法GSCA支持的论据）


Details

详情----------Details----------

The idea of this function is similar to the PLoS one paper by Merico et al.
此功能的想法是类似的梅里科等公共科学图书馆纸。

An enrichment map is a network to help better visualize and interpret the  GSEA or Hypergeometric test results. In an enrichment map, the nodes  represent gene sets and the edges denote the Jaccard similarity coefficient  between two gene sets. Node colors are scaled according to the adjusted  p-values (the darker the more significant). For GSEA, nodes are colored by  the sign of the enrichment scores (red:+, blue: -). The size of nodes  illustrates the size of gene sets, while the width of edges denotes the  Jaccard coefficient.   
一个富集图是一个网络，以帮助人们更好地可视化和解释的GSEA或超几何测试结果。在浓缩图，节点代表基因组和边表示两个基因组之间的Jaccard相似系数。根据调整后的P-值（颜色越深，更重要的）缩放节点颜色。对于GSEA，节点颜色由浓缩成绩（红色，蓝色： - ）的标志。节点的大小说明了基因组的大小，而边缘的宽度表示Jaccard系数。


值----------Value----------

an object of igraph with all attributes about the enrichement map
一个igraph的对象与所有属性有关enrichement图


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参考文献----------References----------

Enrichment Visualization and Interpretation, PloS one, 2010, e13984

参见----------See Also----------

plotEnrichMap
plotEnrichMap


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
##load data for enrichment analyses[＃加载富集分析数据。]
data("KcViab_GSCA")
##plot and save the enrichment map[＃绘制和保存的丰富图]
viewEnrichMap(KcViab_GSCA, gscs=c("GO_MF"), allSig=TRUE, ntop=NULL, gsNameType="id",
displayEdgeLabel=FALSE,layout="layout.fruchterman.reingold")
##append Gene set terms to results[＃追加基因组方面成果]
KcViab_GSCA<-appendGSTerms(KcViab_GSCA, goGSCs=c("GO_BP","GO_MF","GO_CC"),
keggGSCs=c("PW_KEGG"))
viewEnrichMap(KcViab_GSCA, gscs=c("GO_MF"), allSig=TRUE, ntop=NULL, gsNameType="term",
displayEdgeLabel=FALSE,layout="layout.fruchterman.reingold")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。