multiHyperGeoTest(HTSanalyzeR)
multiHyperGeoTest()所属R语言包：HTSanalyzeR
Hypergeometric tests on a list of gene sets
基因组名单上的超几何测试
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function performs hypergeometric tests for over-representation of hits, on a list of gene sets. This function applies the function hyperGeoTest to an entire list of gene sets and returns a data frame.
这个函数执行次数超过代表超几何试验，基因组的列表。此功能适用于功能hyperGeoTest到整个基因组的列表，并返回一个数据框。
用法----------Usage----------
multiHyperGeoTest(collectionOfGeneSets, universe, hits, minGeneSetSize =
15, pAdjustMethod = "BH", verbose = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：collectionOfGeneSets
a list of gene sets, each of which is a character vector of gene identifiers
基因组的列表，其中每个是一种基因标识的特征向量
参数：universe
a character vector of all gene identifiers (usually all genes tested in a screen)
基因标识的所有特征向量（通常在一个屏幕上所有基因测试）
参数：hits
a character vector of gene identifiers for those considered as hits
基因识别的特征向量的命中考虑那些
参数：minGeneSetSize
a single integer or numeric value specifying the minimum number of elements in a gene set that must map to elements of the gene universe. Gene sets with fewer genes than this number are removed from both hypergeometric analysis and GSEA.
一个整数或指定的最低数量的基因组中的元素必须映射到基因宇宙中的元素的数值。从超几何分析和GSEA比这个数目少的基因的基因组被删除。
参数：pAdjustMethod
a single character value specifying the p-value adjustment method to be used (see 'p.adjust' for details)
一个单一的字符值，指定要使用（详见“p.adjust”P-值调整方法）
参数：verbose
a single logical value indicating to display detailed messages (when verbose=TRUE) or not (when verbose=FALSE)
一个逻辑值，该值指示显示详细消息（VERBOSE = TRUE时）或（当VERBOSE = FALSE）
值----------Value----------
a data frame containing the results of the hypergeometric test (one row per gene set)
一个数据框包含的超几何测试的结果（每一个基因组一行）
作者（S）----------Author(s)----------
John C. Rose, Xin Wang
参见----------See Also----------
hyperGeoTest
hyperGeoTest
举例----------Examples----------
##example 1[＃示例1]
gl <- runif(100, min=0, max=5)
gl <- gl[order(gl, decreasing=TRUE)]
names(gl) <- as.character(sample(x=seq(from=1, to=100, by=1), size=100,
replace=FALSE))
gs1 <- sample(names(gl), size=20, replace=FALSE)
gs2 <- sample(names(gl), size=20, replace=FALSE)
gsc <- list(subset1=gs1, subset2=gs2)
hypgeo<-multiHyperGeoTest(collectionOfGeneSets=gsc, universe=names(gl),
hits=names(gl)[which(abs(gl) > 2)], minGeneSetSize = 2, pAdjustMethod ="BH")
##example 2[＃示例2]
## Not run: [＃无法运行：]
library(org.Dm.eg.db)
library(KEGG.db)
##load phenotype vector (see the vignette for details about the[＃负载型向量（见有关细节的小插曲]
##preprocessing of this data set)[＃这组数据的预处理）]
data("KcViab_Data4Enrich")
DM_KEGG <- KeggGeneSets(species="Dm")
##Do multiple hypergeometric tests[＃做多的超几何测试]
hypgeoResults <- multiHyperGeoTest(collectionOfGeneSets=DM_KEGG,
universe=names(KcViab_Data4Enrich), hits=names(KcViab_Data4Enrich)[which(abs(
KcViab_Data4Enrich) > 2)], minGeneSetSize = 15, pAdjustMethod = "BH")
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:57:27
