R语言 HTSanalyzeR包 mammalAnnotationConvertor()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mammalAnnotationConvertor(HTSanalyzeR)
mammalAnnotationConvertor()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Convert between different types of identifiers for mammalian species
                                         哺乳动物不同类型的标识符之间的转换

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts an initial named data vector to the same vector but with a different identifier category (this function also works on matrices with gene identifiers as row names).
此功能最初命名的数据向量转换到同一向量，但用不同的标识符类别（此功能基因标识矩阵为行名）。


用法----------Usage----------


mammalAnnotationConvertor(geneList, initialIDs = "Entrez.gene", finalIDs =
"Entrez.gene", species = "Hs", keepMultipleMappings = TRUE, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：geneList
a named integer or numeric vector, or a matrix with rows named by gene identifiers  
一个名为基因标识命名的行的整数或数字向量或矩阵


参数：initialIDs
a single character value specifying the type of initial identifiers for input 'geneList'. The current version can take one of the following types:  "Ensembl.transcript", "Ensembl.prot", "Ensembl.gene", "Entrez.gene", "RefSeq", "Symbol" and "GenBank".  
一个单一的字符值，指定类型为输入“geneList”的初始标识。当前版本可以采取以下几种类型之一：“Ensembl.transcript”，“Ensembl.prot”，“Ensembl.gene”，“Entrez.gene”，“的RefSeq”，“符号”和“ ;序列“。


参数：finalIDs
a single character value specifying the type of final identifiers to which users want to convert. The current version can take one of the  following types: "Ensembl.transcript", "Ensembl.prot", "Ensembl.gene",  "Entrez.gene", "RefSeq", "Symbol" and "GenBank"  
一个单一的字符值，指定最终用户要转换的标识符类型。当前版本可以采取以下几种类型之一：“Ensembl.transcript”，“Ensembl.prot”，“Ensembl.gene”，“Entrez.gene”，“的RefSeq”，“符号”和“ ;序列“


参数：species
a single character value specifying the species: "Hs" ("Homo_sapiens"), "Rn" ("Rattus_norvegicus") or "Mm" ("Mus_musculus")  
一个单一的字符值，指定物种：“HS”（“Homo_sapiens”），“RN”（的“Rattus_norvegicus”）或“MM”（“Mus_musculus”）


参数：keepMultipleMappings
a single logical value. If TRUE, the function keeps the entries with multiple mappings (first mapping is kept). If FALSE, the entries with multiple mappings will be discarded.  
一个单一的逻辑值。如果为TRUE，函数保持多个映射（保持第一的映射）的条目。如果为FALSE，多个映射条目将被丢弃。


参数：verbose
a single logical value indicating to display detailed messages (when verbose=TRUE) or not (when verbose=FALSE)  
一个逻辑值，该值指示显示详细消息（VERBOSE = TRUE时）或（当VERBOSE = FALSE）


Details

详情----------Details----------

This function removes the genes for which no mapping was found. This function relies on the org.Hs.eg.db/org.Mm.eg.db/org.Rn.eg.db packages and therefore only maps from any identifier to an Entrez gene ID or from an Entrez gene ID to any identifier.
此功能消除了没有映射被发现的基因。此功能依靠任何标识符上org.Hs.eg.db / org.Mm.eg.db / org.Rn.eg.db包，因此只图从任何Entrez基因ID标识符或从Entrez基因ID 。


值----------Value----------

the same data vector/matrix but with another type of identifiers as names/row names
相同的数据向量/矩阵，但与其他类型的标识符名称/行名称


作者（S）----------Author(s)----------



Camille Terfve, Xin Wang




参见----------See Also----------

drosoAnnotationConvertor, celAnnotationConvertor, annotationConvertor
drosoAnnotationConvertor，celAnnotationConvertor，annotationConvertor


举例----------Examples----------


##example 1: convert a named vector[＃例子1：一个名为矢量转换]
library(org.Hs.eg.db)
x <- runif(10)
names(x) <- names(as.list(org.Hs.egSYMBOL2EG))[1:10]
xEntrez <- mammalAnnotationConvertor(geneList=x, initialIDs="Symbol",
finalIDs="Entrez.gene", species="Hs")
##example 2: convert a data matrix with row names as gene ids[＃示例2：数据矩阵转换与基因IDS行名称]
library(org.Hs.eg.db)
x <- cbind(runif(10), runif(10))
rownames(x) <- names(as.list(org.Hs.egSYMBOL2EG))[1:10]
xEntrez <- mammalAnnotationConvertor(geneList=x, initialIDs="Symbol",
finalIDs="Entrez.gene", species="Hs")

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