R语言 HTSanalyzeR包 interactome()函数中文帮助文档(中英文对照)

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interactome(HTSanalyzeR)
interactome()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Create an interactome from BioGRID data sets
                                         创建一个从BioGRID数据集的相互作用组

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a generic function.
这是一个通用的功能。

When implemented as the S4 method of class NWA, this function creates  an interactome before conducting network analysis.
当实施为S4类NWA方法，这个函数创建相互作用组前进行网络分析。

To use this function for objects of class NWA:
使用此功能的类对象NWA：

interactome(object, interactionMatrix, species, link, reportDir =  "HTSanalyzerReport", genetic=FALSE, verbose=TRUE)
相互作用组（对象，interactionMatrix，品种，环节，reportDir =“HTSanalyzerReport”，遗传= FALSE，VERBOSE = TRUE）


用法----------Usage----------


interactome(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object. When this function is implemented as the S4 method of class NWA,  this argument is an object of class 'NWA'  
一个对象。作为的S4类方法实现此功能时，NWA，这种说法是一个类的NWA的对象


参数：...
other arguments (see below for the arguments supported by the method of class NWA)  
其他参数（见下面的类NWA方法支持的论据）


Details

详情----------Details----------

This function provides two options to create an interactome for network analysis. The user can either input an interaction matrix including columns 'InteractionType', 'InteractionA' and 'InteractionB', or set 'species', 'link' and 'genetic' to download data set from BioGRID and extract corresponding interactions to build the interactome.
此功能提供了两个选项，以创建一个网络分析的相互作用组。用户既可以输入一个互动矩阵，包括列的InteractionType“，”InteractionA和InteractionB“，或集”种“，”链接“和”遗传“到下载从BioGRID数据集，并提取相应的互动，建立相互作用组。

Another way to set up the interactome is to input a graphNEL object when the NWA object is created (i.e. nwa=new("NWA", pvalues, phenotypes, interactome)).   
设立的相互作用组的另一种方式是输入graphNEL对象当NWA对象被创建时（即NWA =新（“西北航空”，pvalues，表型，相互作用））。


值----------Value----------

In the end, this function will return an updated object with slot 'interactome' as an object of class graphNEL.
在年底，这个函数会返回一个对象类graphNEL槽的相互作用组“的一个更新的对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Xin Wang <a href="mailto:xw264@cam.ac.uk">xw264@cam.ac.uk</a>




参见----------See Also----------

biogridDataDownload, NWA
biogridDataDownload，NWA


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
##example 1, input interactome when initializing an 'NWA' object[＃示例1，NWA的“对象初始化时输入的相互作用组]
##load p-values and phenotypes[＃加载p值和表型。]
data("KcViab_PVals","KcViab_Data4Enrich")
##load BioGRID interactome for Drosophila Melanogaster[＃装入果蝇BioGRID的相互作用组]
data("Biogrid_DM_Interactome")
##create a NWA (NetWork Analysis) object[＃创建一个NWA（网络分析）对象。]
nwa <- new("NWA",pvalues=KcViab_PVals, phenotypes=KcViab_Data4Enrich,
interactome=Biogrid_DM_Interactome)
##print nwa[＃打印NWA]
nwa

library(BioNet)
##example 2, build an interactome from Biogrid data base[＃2例如，建立一个从Biogrid数据的基础上的相互作用组]
##create a NWA (NetWork Analysis) object[＃创建一个NWA（网络分析）对象。]
nwa <- new("NWA", pvalues=KcViab_PVals, phenotypes=KcViab_Data4Enrich)
##print nwa[＃打印NWA]
nwa
##download data from BioGRID and build the interactome[＃下载从BioGRID的数据和建立的相互作用组]
nwa <- interactome(nwa, species="Dm", reportDir="NWATest")
##print nwa again[＃再次打印NWA]
nwa

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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