R语言 HTSanalyzeR包 celAnnotationConvertor()函数中文帮助文档(中英文对照)

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celAnnotationConvertor(HTSanalyzeR)
celAnnotationConvertor()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Convert between different types of gene identifiers for Caenorhabditis Elegans
                                         线虫基因标识不同类型之间的转换

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts an initial named data vector to the same vector but  with a different identifier category, and removes the genes for which no  mapping were found. This function can also take a matrix, with gene  identifiers as row names.
此功能最初命名的数据向量转换到同一向量，但用不同的标识符类别，并删除没有映射被发现的基因。此功能也可以采取一个矩阵，行名称基因标识。


用法----------Usage----------


celAnnotationConvertor(geneList, initialIDs = "Entrez.gene", finalIDs =
"Entrez.gene", keepMultipleMappings = TRUE, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：geneList
a named integer or numeric vector, or a matrix with rows named by gene  identifiers  
一个名为基因标识命名的行的整数或数字向量或矩阵


参数：initialIDs
a single character value specifying the type of initial identifiers for  input 'geneList'. The current version can take one of the following types:  "Ensembl.transcript", "Ensembl.prot", "Ensembl.gene", "Entrez.gene",  "RefSeq", "Symbol", "GenBank" and "wormbase"  
一个单一的字符值，指定类型为输入“geneList”的初始标识。当前版本可以采取以下几种类型之一：“Ensembl.transcript”，“Ensembl.prot”，“Ensembl.gene”，“Entrez.gene”，“的RefSeq”，“符号”，“ ;序列“和”wormbase“


参数：finalIDs
a single character value specifying the type of final identifiers to  which users want to convert. The current version can take one of the following  types: "Ensembl.transcript", "Ensembl.prot", "Ensembl.gene", "Entrez.gene",  "RefSeq", "Symbol", "GenBank" and "wormbase"  
一个单一的字符值，指定最终用户要转换的标识符类型。当前版本可以采取以下几种类型之一：“Ensembl.transcript”，“Ensembl.prot”，“Ensembl.gene”，“Entrez.gene”，“的RefSeq”，“符号”，“ ;序列“和”wormbase“


参数：keepMultipleMappings
a single logical value. If TRUE, the function keeps the entries with  multiple mappings (first mapping is kept). If FALSE, the entries with  multiple mappings will be discarded.  
一个单一的逻辑值。如果为TRUE，函数保持多个映射（保持第一的映射）的条目。如果为FALSE，多个映射条目将被丢弃。


参数：verbose
a single logical value specifying to display detailed messages (when  verbose=TRUE) or not (when verbose=FALSE)  
一个逻辑值，指定显示详细消息（VERBOSE = TRUE时）或（当VERBOSE = FALSE）


Details

详情----------Details----------

This function relies on the org.Ce.eg.db package and therefore only maps
此功能依赖上org.Ce.eg.db包，因此只有图

from any identifier to an Entrez gene id, or
Entrez基因身份证，或从任何标识

from an Entrez gene ID to any identifier
从Entrez基因身份证到任何标识符

The entries that could not be mapped to any identifiers are removed from  the resulting data vector/matrix.
从得到的数据向量/矩阵不能被映射到任何标识的条目被删除。


值----------Value----------

the same vector/matrix but with names/rownames corresponding to a  different type of identifiers
相同的向量/矩阵，但对应到不同类型的标识符的名称/ rownames的


作者（S）----------Author(s)----------



Camille Terfve, Xin Wang




参见----------See Also----------

drosoAnnotationConvertor, mammalAnnotationConvertor, annotationConvertor
drosoAnnotationConvertor，mammalAnnotationConvertor，annotationConvertor


举例----------Examples----------


library(org.Ce.eg.db)
##example 1: convert a named vector[＃例子1：一个名为矢量转换]
x <- runif(10)
names(x) <- names(as.list(org.Ce.egSYMBOL2EG))[1:10]
xEntrez <- celAnnotationConvertor(geneList=x, initialIDs="Symbol",
finalIDs="Entrez.gene")
##example 2: convert a data matrix with row names as gene ids[＃示例2：数据矩阵转换与基因IDS行名称]
x <- cbind(runif(10), runif(10))
rownames(x) <- names(as.list(org.Ce.egSYMBOL2EG))[1:10]
xEntrez <- celAnnotationConvertor(geneList=x, initialIDs="Symbol",
finalIDs="Entrez.gene")

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