R语言 HTSanalyzeR包 analyzeGeneSetCollections()函数中文帮助文档(中英文对照)

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analyzeGeneSetCollections(HTSanalyzeR)
analyzeGeneSetCollections()所属R语言包：HTSanalyzeR

                                         Hypergeometric tests and Gene Set Enrichment Analyses over a list of gene set collections
                                         超几何测试和基因组富集分析了基因组集合列表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes a list of gene set collections, a named phenotype  vector (with names of the phenotype vector as the universe), a vector  of hits (gene names only) and returns the results of hypergeometric  and gene set enrichment analyses for all of the gene set collections  (with multiple hypothesis testing corrections).
此功能基因组集合列表，一个名为型向量（宇宙型向量的名称），向量（基因名称）的命中，将返回所有的超几何和基因组富集分析结果基因组的集合（多个假设检验更正）。


用法----------Usage----------


analyzeGeneSetCollections(listOfGeneSetCollections, geneList, hits,
pAdjustMethod="BH", pValueCutoff=0.05, nPermutations=1000,
minGeneSetSize=15, exponent=1, verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：listOfGeneSetCollections
a list of gene set collections (a 'gene set collection' is a list of  gene sets). Even if only one collection is being tested, it must be  entered as an element of a 1-element list, e.g.  ListOfGeneSetCollections = list(YourOneGeneSetCollection).  Naming the elements of listOfGeneSetCollections will result in these  names being associated with the relevant data frames in the output  (meaningful names are advised)  
一个基因组的集合名单（“基因组的集合”是一个基因组的列表）。即使只有一个集合正在测试中，它必须为1元的列表元素，如进入ListOfGeneSetCollections = list(YourOneGeneSetCollection)。命名listOfGeneSetCollections的元素将导致这些名称与输出中的相关数据框（应有意义的名称）


参数：geneList
a numeric or integer vector of phenotypes in descending or ascending  order with elements named by their EntrezIds (no duplicates nor NA values)  
（无重复，也不NA值的降序或升序与他们EntrezIds命名的元素的顺序表型的数字或整数向量）


参数：hits
a character vector of the EntrezIds of hits, as determined by the user  
特征向量的命中EntrezIds，由用户决定


参数：pAdjustMethod
a single character value specifying the p-value adjustment method to be  used (see 'p.adjust' for details)  
一个单一的字符值，指定要使用（详见“p.adjust”P-值调整方法）


参数：pValueCutoff
a single numeric value specifying the cutoff for p-values considered  significant  
指定一个单一的数值为p-值认为是重要的截止


参数：nPermutations
a single integer or numeric value specifying the number of permutations  for deriving p-values in GSEA  
一个整数或数值派生p值在GSEA指定的排列数


参数：minGeneSetSize
a single integer or numeric value specifying the minimum number of  elements in a gene set that must map to elements of the gene universe.  Gene sets with fewer than this number are removed from both hypergeometric  analysis and GSEA.  
一个整数或指定的最低数量的基因组中的元素必须映射到基因宇宙中的元素的数值。从超几何分析和GSEA少于这个数目的基因组被删除。


参数：exponent
a single integer or numeric value used in weighting phenotypes in GSEA  (see the function gseaScores)  
一个整数或数值在GSEA加权表型（见函数gseaScores）


参数：verbose
a single logical value specifying to display detailed messages (when  verbose=TRUE) or not (when verbose=FALSE)  
一个逻辑值，指定显示详细消息（VERBOSE = TRUE时）或（当VERBOSE = FALSE）


Details

详情----------Details----------

All gene names must be EntrezIds in 'listOfGeneSetCollections',  'geneList', and 'hits'.
所有基因的名称必须是在listOfGeneSetCollections，geneList“，和”命中“EntrezIds。


值----------Value----------


参数：HyperGeo.results
a list of data frames containing the results for  all gene set collections in the input.
数据框包含所有基因组的集合的结果，在输入列表。


参数：GSEA.results
a similar list of data frames containing the results  from GSEA. As an example, to access the GSEA results for a gene set  collection named "MyGeneSetCollection", one would enter: output$GSEA.results$MyGeneSetCollection
类似的数据框包含GSEA结果列表。作为一个例子，访问基因集名为“MyGeneSetCollection”的收集GSEA结果，将输入输出$ GSEA.results美元MyGeneSetCollection


参数：Sig.pvals.in.both
a list of data frames containing the gene sets  with p-values considered significant in both hypergeometric test and  GSEA, before p-value correction. Each element of the list contains the  results for one gene set collection.
认为是显着的p值超几何测试和GSEA P-值校正前，设置数据框包含的基因列表。列表中的每个元素包含一个基因组收集的结果。


参数：Sig.adj.pvals.in.both
a list of data frames containing the gene  sets with p-values considered significant in both hypergeometric test  and GSEA, after p-value correction. Each element of the list contains  the results for one gene set collection.
认为是显着的p值超几何测试和GSEA P-值校正后，设置数据框包含的基因列表。列表中的每个元素包含一个基因组收集的结果。


作者（S）----------Author(s)----------



John C. Rose, Xin Wang




参见----------See Also----------

analyze
analyze


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(org.Dm.eg.db)
library(GO.db)
library(KEGG.db)
##load phenotype vector (see the vignette for details about the [＃负载型向量（见有关细节的小插曲]
##preprocessing of this data set)[＃这组数据的预处理）]
data("KcViab_Data4Enrich")
##Create a list of gene set collections for Drosophila melanogaster (Dm)[＃创建一个列表（DM）果蝇基因组的集合]
GO_MF <- GOGeneSets(species="Dm", ontologies="MF")
PW_KEGG <- KeggGeneSets(species="Dm")
ListGSC <- list(GO_MF=GO_MF, PW_KEGG=PW_KEGG)
##Conduct enrichment analyses[＃进行富集分析]
GSCAResults <- analyzeGeneSetCollections(
                listOfGeneSetCollections=ListGSC,
                geneList=KcViab_Data4Enrich,
                hits=names(KcViab_Data4Enrich)[which(abs(KcViab_Data4Enrich)>2)],
                pAdjustMethod="BH",
                nPermutations=1000,
                minGeneSetSize=200,
                exponent=1,
                verbose=TRUE
)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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