plotCtPCA(HTqPCR)
plotCtPCA()所属R语言包：HTqPCR
PCA for qPCR Ct values.
PCA的定量PCR的Ct值。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Perform and plot a principal component analysis for high-throughput qPCR data from any platform, for doing clustering.
执行，并绘制了从任何平台上的高通量定量PCR数据的主成分做聚类分析，。
用法----------Usage----------
plotCtPCA(q, s.names, f.names, scale = TRUE, features = TRUE, col, cex = c(1, 1))
参数----------Arguments----------
参数：q
a matrix or an object of class qPCRset containing Ct values.
矩阵或类qPCRset含有Ct值的对象。
参数：s.names
character vector, names of samples. See details.
特征向量，样本的名称。查看详情。
参数：f.names
character vector, names of features. See details.
特征向量，特征的名称。查看详情。
参数：scale
logical, should the variables be scaled ot have unit variance. Passed on to prcomp.
逻辑，应变量进行缩放OT有单位方差。传递prcomp。
参数：features
logical, should the features be plotted. See details.
逻辑，应该被绘制的功能。查看详情。
参数：col
vector, the colours to use for the samples if features=FALSE.
向量，颜色使用的样品，如果features=FALSE。
参数：cex
vector of length 2, the expansion to use for features and samples respectively if features=FALSE.
长度为2的向量，扩展使用功能和样品分别如果features=FALSE。
Details
详情----------Details----------
Per default the sample names from the qPCRset are used, however the feature names are replaced by "*" to avoid cluttering the plot.
每从qPCRset默认样品名称被使用，但功能名称由“*”代替，以避免混乱的图。
If features=TRUE then a biplot including all features is produced, with samples represented by vectors. I.e. both observations and variables are plotted, which can potentially be used to identify outliers among the features. For features=FALSE only the samples will be included in the plot. This might be more useful for clustering.
如果features=TRUE然后产生一个包括所有功能的双标图，由向量代表样本。即意见和变量绘制，这可能会被用来识别功能之间的离群。 features=FALSE只有样品将在图。这可能是有用的聚类。
In case of high-thoughput arrays, some samples may be all NAs. These are ignored during the PCA calculation.
在对高能开阵列的情况下，一些样品可能是所有NAS。这些被忽略在PCA计算。
值----------Value----------
A plot is created on the current graphics device.
当前图形设备上创建一个图。
注意----------Note ----------
This is still a work in progress, and the function is not particularly sophisticated. Suggestions/wishes are welcome though.
这仍然是一个进展中的工作，也不是特别复杂的功能。建议/愿望虽然欢迎。
作者（S）----------Author(s)----------
Heidi Dvinge
参见----------See Also----------
prcomp, biplot
prcomp，biplot
举例----------Examples----------
# Load example data[加载示例数据]
data(qPCRraw)
# Plot[图]
plotCtPCA(qPCRraw)
# Include feature names; make them smaller[包括功能名称，使他们更小]
plotCtPCA(qPCRraw, f.names=featureNames(qPCRraw), cex=c(0.5,1))
# Plot only the samples[仅绘制的样本]
plotCtPCA(qPCRraw, features=FALSE)
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:50:47
