R语言 HTqPCR包 plotCtHeatmap()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotCtHeatmap(HTqPCR)
plotCtHeatmap()所属R语言包：HTqPCR

                                        Heatmap of qPCR Ct values.
                                         热图定量PCR的Ct值。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function for drawing a heatmap of Ct values from high-throughput qPCR experiments such as using TaqMan Low Density Arrays.
如使用TaqMan低密度阵列的高吞吐量的qPCR实验的Ct值热图绘制功能。


用法----------Usage----------


plotCtHeatmap(q, main = NULL, col, col.range, dist = "pearson", zero.center, mar, gene.names, sample.names, ...)



参数----------Arguments----------

参数：q
object of class qPCRset.
对象类qPCRset。


参数：main
character string, plot title.
字符串，小区称号。


参数：col
the colours to use. See details.
要使用的颜色。查看详情。


参数：col.range
vector, the range of colours to use.
向量，使用的颜色范围。


参数：dist
character string, specifying whether to use "pearson" correlation (default) or "euclidean" distance for the clustering.
字符串，指定是否使用“培”的相关（默认）或“欧几里德”聚类的距离。


参数：zero.center
logical, should the colours be shifted to be zero-centered. See details.
逻辑的颜色，应被转移到零为本。查看详情。


参数：mar
vector, the size of the borrom and right hand side margins.
向量，的borrom和右侧边缘的大小。


参数：gene.names
character vector, names to replace the genes (rows) with. See details.
特征向量，名称，以取代基因（行）。查看详情。


参数：sample.names
character vector, names to replace the samples (columns) with. See details.
特征向量，名称取代样品（列）。查看详情。


参数：...
any other arguments will be passed to the heatmap.2 function.
任何其他参数将被传递给heatmap.2功能。


Details

详情----------Details----------

This function may be used to cluster the raw or normalized Ct values, and present the result in a heatmap.
此功能可用于聚类的原料或正火的Ct值，并提出在热图的结果。

The color range is used to represent the range of values for the statistic. If col==NULL the colour will be set to a spectrum from red to blue/purple, unless there are negative values in which case it goes red-yellow-green to reflect up and down regulation of genes. If zero.center=NULL then zero.center will automatically be set to TRUE to make the colour scale symmetric around 0.
是用来表示统计值范围内的色彩范围。如果col==NULL将设置颜色从红色到蓝色/紫色，频谱，除非有负值，在这种情况下，去红，黄，绿反映和基因调控。如果zero.center=NULL然后zero.center将自动被设置为TRUE，使周围0色阶对称。

Especially gene names will often not be readable in a standard size plotting device, and might therefore be removed. If gene.names or sample.names is set to a single character (such as "" for no naming), then this character will be repeated for all rows or columns.
尤其是基因名称往往不将是可读的标准尺寸的打印设备，并可能因此被删除。如果gene.names或sample.names设置为一个单一的字符（如“没有命名”），那么这个字符将所有的行或列的重复。

A standard heatmap is drawn, but this can be modified extensively using the arguments available in the heatmap.2 function.
一个标准的热图绘制，但可以修改广泛使用heatmap.2函数的参数。


值----------Value----------

A plot is created on the current graphics device.
当前图形设备上创建一个图。


作者（S）----------Author(s)----------


Heidi Dvinge



参见----------See Also----------

heatmap.2
heatmap.2


举例----------Examples----------


# Load example data[加载示例数据]
data(qPCRraw)
# Some standard heatmaps[一些标准的热图]
plotCtHeatmap(qPCRraw, gene.names="")
plotCtHeatmap(qPCRraw, gene.names="", dist="euclidean", col.range=c(10,35))
plotCtHeatmap(qPCRraw, gene.names="", dist="euclidean", col=colorRampPalette(rev(brewer.pal(9, "YlGnBu")))(20))

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