R语言 HTqPCR包 plotCtCategory()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotCtCategory(HTqPCR)
plotCtCategory()所属R语言包：HTqPCR

                                        Summarising the feature categories for Ct values.
                                         小结Ct值的功能类别。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function will provide a summary of the featureCategory for a qPCRset. Focus can either be on categories across samples, or across features.
此功能将提供一个总结featureCategoryqPCRset一个。重点可以是跨样本，或跨功能类别。


用法----------Usage----------


plotCtCategory(q, cards = TRUE, by.feature = FALSE, stratify, col, xlim, main, ...)



参数----------Arguments----------

参数：q
object of class qPCRset.
对象类qPCRset。


参数：cards
integers, the number of the cards (samples) to plot.
整数，卡（样品）绘制。


参数：by.feature
logical, should the categories be summarised for features rather than samples. See details.
逻辑，应该总结的功能，而不是样品类别。查看详情。


参数：stratify
character string, either "type" or "class" indicating if the categories should be stratified by featureType or featureClass of q. Ignored if by.features is TRUE.
字符串，无论是“类型”或“类”，表示如果类别应该是分层featureType或featureClassq。如果by.features为TRUE忽略。


参数：col
vector with the colours to use for the categories. Default is green for "OK", yellow for "Unreliable" and red for "Undetermined".  See details.
向量的颜色使用的类别。默认是绿色的“OK”，“不可靠”的黄色和红色为“未决定用途”。查看详情。


参数：xlim
vector, the limits of the x-axis. If by.feature is FALSE, this can be used to adjust the size of the barplot to fit in the colour legend.
向量，x轴的限制。如果by.feature是假的，这可以用来，到调整的barplot的大小以适合在色彩的传说。


参数：main
character string, the title of the plot.
字符串，图的标题。


参数：...
further arguments passed to barplot or heatmap.
通过进一步的论据barplot或heatmap。


Details

详情----------Details----------

This function is for generating two different types of plot. If by.feature=FALSE the number of each featureCategory will be counted for each card, and a barplot is made. If however by.feature=TRUE, then the categories for each feature across the selected cards will be clustered in a heatmap.
此功能是产生两个不同类型的小区。如果by.feature=FALSE每个featureCategory将计算每个卡，和barplot。但是如果by.feature=TRUE，然后为每个在所选卡的功能类别将集中在1热图。

The colours given in col correspond to all the unique categories present in the entire  featureCategory of q, even categories not represented for the samples selected by cards. Categories are sorted alphabetically, and colours assigned accordingly.
col给出的颜色对应目前在所有独特的类别整个featureCategoryq，甚至类别不cards选择的样本代表。分类按字母顺序排列，并指定相应的颜色。

For by.feature=TRUE the plot can be modified extensively using calls to the underlying heatmap function, such as setting cexRow to adjust the size of row labels.
by.feature=TRUE广泛使用的呼吁，图可以修改底层heatmap功能，如设置cexRow调整行标签的大小。


值----------Value----------

A figure is produced on the current graphics device.
一个数字是当前图形设备上产生的。


作者（S）----------Author(s)----------


Heidi Dvinge



参见----------See Also----------

setCategory, and heatmap for the underlying plotting function for by.feature=TRUE.
setCategory，heatmapby.feature=TRUE底层绘图功能。


举例----------Examples----------


# Load example preprocessed data[加载预处理数据的例子]
data(qPCRpros)
# Plot categories for samples[图类样品]
plotCtCategory(qPCRpros)
plotCtCategory(qPCRpros, cards=1:3, stratify="class")
# Categories for features[对功能的分类]
plotCtCategory(qPCRpros, by.feature=TRUE)

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