R语言 HELP包 readPairs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readPairs(HELP)
readPairs()所属R语言包：HELP

                                         Read Nimblegen .pair files
                                         阅读的NimbleGen。对文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to extract data from corresponding files in the Nimblegen .pair format.
函数来提取相应的文件中的NimbleGen。对格式的数据。


用法----------Usage----------


readPairs(x, y, z, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
the name of the file containing data from signal channel 1. Each line of the file is interpreted as a single data point. If it does not contain an absolute path, the file name is relative to the current working directory, getwd(). Tilde-expansion is performed where supported.  Alternatively, x can be a readable connection (which will be opened for reading if necessary, and if so closed at the end of the function call).   x can also be a complete URL.  
包含从信号通道1的数据文件的名称。文件的每一行被解释为单个数据点。如果它不包含一个绝对路径，文件名是相对于当前的工作目录，getwd()。波浪线扩展进行支持的地方。另外，x可以是一个可读的连接将打开阅读如有必要，如果在函数调用结束时关闭。 x也可以是一个完整的URL。


参数：y
the name of the file containing data from signal channel 1. Each line of the file is interpreted as a single data point. If it does not contain an absolute path, the file name is relative to the current working directory, getwd(). Tilde-expansion is performed where supported.  Alternatively, y can be a readable connection (which will be opened for reading if necessary, and if so closed at the end of the function call).   y can also be a complete URL.  
包含从信号通道1的数据文件的名称。文件的每一行被解释为单个数据点。如果它不包含一个绝对路径，文件名是相对于当前的工作目录，getwd()。波浪线扩展进行支持的地方。另外，y可以是一个可读的连接将打开阅读如有必要，如果在函数调用结束时关闭。 y也可以是一个完整的URL。


参数：z
object in which to store pair information from files. Can be an ExpressionSet, in which case pair data will be stored in featureData.  
对象，其中对信息存储文件。可以ExpressionSet，在这种情况下对数据将被储存在featureData。


参数：...
Arguments to be passed to methods (see readPairs-methods):     
被传递到方法的参数（见readPairs-methods）：

name character input specifying a sample name to assign to the data from specified pair files. If NULL (default), a value will be extracted from the filename specified in x.  
name字符输入指定一个样品名称分配给指定对文件的数据。 NULL如果（默认）值将在x指定的文件名中提取。

element.x which element of AssayData (default is "exprs") in which to store signal channel 1 data.  
element.x元素AssayData（默认为"exprs"），在其中存储的信号通道1的数据。

element.y which element of AssayData (default is "exprs2") in which to store signal channel 2 data.  
element.y元素AssayData（默认为"exprs2"），在其中存储的信号通道2的数据。

match.probes logical specifying whether to match data from pair files by "PROBE\_ID" with any pre-existing data. if TRUE (default), order of values will be rearranged so long as there are already "PROBE\_ID"s specified in featureData.  
match.probes逻辑指定是否匹配"PROBE\_ID"任何预先存在的数据对文件的数据。如果TRUE（默认）值的顺序将重新安排，只要已经有"PROBE\_ID"S指定featureData。

path a character vector containing a single full path name to which filenames will be appended. If NULL, filenames (x and y) are treated as is.   
path字符向量包含一个单一的完整路径名，文件名将追加。如果NULL，文件名（x和y）作为是治疗。

comment.char character: a character vector of length one containing a single character or an empty string (default is "\#"). Use "" to turn off the interpretation of comments altogether.   
comment.char性格特征向量的长度为一包含单个字符或一个空字符串（默认为"\#"）。使用""完全关闭评论的解释。

sep the field separator character (default is "\t"). Values on each line of the file are separated by this character. If sep = "" the separator is "white space", that is one or more spaces, tabs, newlines or carriage returns.   
sep字段分隔符（默认是"\t"）。文件的每一行的值是通过这个角色分离。如果sep = ""分隔符是“白色空间”，这是一个或多个空格，制表符，换行符或回车。

quote the set of quoting characters (default is "\""). To disable quoting altogether, use quote = "". See scan for the behaviour on quotes embedded in quotes. Quoting is only considered for columns read as character, which is all of them unless colClasses is specified.   
quote引号字符集（默认是"\""）。完全禁用引用，使用quote = ""。看到scan引号中嵌入引号的行为。只考虑读的性格，这是所有这些，除非colClasses指定的列引用。

eSet ExpressionSet input (default is new("ExpressionSet")) in which to store pair information in assayData   
eSetExpressionSet输入（默认为new("ExpressionSet")），其中对信息存储在assayData

verbose logical; if TRUE (default) progress will be output to screen. If FALSE, no output will be displayed.  
verbose逻辑;如果TRUE（默认）的进展将是向屏幕输出。如果FALSE，没有输出将显示。

\dots other arguments to be passed to read.table. See read.table.      
\dots可以通过read.table其他参数。看到read.table。


值----------Value----------

Returns an ExpressionSet filled with assayData containing matrices of data from both signal channels.
返回ExpressionSet用assayData含矩阵从两个信号通道的数据填充。

and featureData containing the following featureColumns:
和featureData包含以下featureColumns的：


参数：<span class="option">SEQ_ID</span>
a vector of characters with container IDs, linking each probe to a parent identifier
向量的容器ID字符，每个探针连接到父标识符


参数：<span class="option">PROBE_ID</span>
a vector of characters containing unique ID information for each probe
含有独特的ID信息，每个探针的字符向量

and phenoData containing the following sampleColumns:
和phenoData包含以下sampleColumns的：


参数：<span class="option">CHIPS</span>
a vector of characters with .pair file locations for signal channel 1 data  
与矢量字符。对信号通道1的数据文件的位置


参数：<span class="option">CHIPS2</span>
a vector of characters with .pair file locations for signal channel 2 data  
一个对信号通道2数据文件的位置矢量字符


作者（S）----------Author(s)----------


Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>)



参见----------See Also----------

readPairs-methods, read.table
readPairs-methods，read.table


举例----------Examples----------


#demo(pipeline,package="HELP")[演示（管道，包=“帮助”）]

x <- 1:500
y <- rev(x)
data <- sample(8000:10000/1000,size=500)
seqids <- sample(1:50,size=500,replace=TRUE)
cat("#COMMENT\nSEQ_ID\tPROBE_ID\tX\tY\tPM\n",file="./read.pair.test.1")[评语\ nSEQ_ID \ tPROBE_ID \ TX \ TY \ TPM \ N“文件=”./read.pair.test.1“）]
table.1 <- cbind(seqids,y,x,x,data)
write.table(table.1,file="./read.pair.test.1",append=TRUE,col.names=FALSE,row.names=FALSE,quote=FALSE,sep="\t")
cat("#COMMENT\nSEQ_ID\tPROBE_ID\tX\tY\tPM\n",file="./read.pair.test.2")[评论\ nSEQ_ID \ tPROBE_ID \ TX \ TY \ TPM \ N“文件=”./read.pair.test.2“）]
table.2 <- cbind(seqids,y,x,x,rev(data))
write.table(table.2,file="./read.pair.test.2",append=TRUE,col.names=FALSE,row.names=FALSE,quote=FALSE,sep="\t")
x <- readPairs("./read.pair.test.1","./read.pair.test.2")
c(seqids[1],y[1],data[1],rev(data)[1])
pData(featureData(x))$"SEQ_ID"[1]
pData(featureData(x))$"PROBE_ID"[1]
assayDataElement(x, "exprs")[1]
assayDataElement(x, "exprs2")[1]

#rm(table.1,table.2,x,y,data,seqids)[RM（附表一，table.2，X，Y，数据，seqids）]
#file.remove("./read.pair.test.1")[file.remove（“./read.pair.test.1”）]
#file.remove("./read.pair.test.2")[file.remove（“./read.pair.test.2”）]

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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