plotPairs(HELP)
plotPairs()所属R语言包：HELP
Plot tree-pairs
图树对
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Pairwise comparison of samples producing a matrix of scatterplots and a corresponding dendrogram
成对比较产生的散点图矩阵的样品和相应的聚类分析
用法----------Usage----------
plotPairs(x, ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
a numeric matrix, where each column represents a different sample. x can also be of class "ExpressionSet".
数字矩阵，每一列代表一个不同的样本。 x类"ExpressionSet"也可以。
参数：...
Arguments to be passed to methods (see plotPairs-methods):
被传递到方法的参数（见plotPairs-methods）：
element which element of AssayData to use for a given ExpressionSet input (default is "exprs")
element元素AssayData使用一个给定的ExpressionSet输入（默认为"exprs"）
samples which samples to use as data. Can be a vector of characters matching sample names, integers indicating which samples to choose, or a mixture of the two. If NULL (default), all samples will be used.
samples样品使用的数据。可以是一个矢量字符匹配样本的名称，表示样本选择的整数，或两者的混合物。如果NULL（默认），所有样品将使用。
scale logical value indicating whether sample branch lengths should be scaled by distance (default is TRUE)
scale逻辑值指示是否应距离缩小样本分支长度（默认为TRUE）
groups logical value indicating whether the samples should be organized and color-coded by group (default is TRUE)
groups逻辑值，表明样品是否应当组织由组颜色编码（默认是TRUE）
dist.method the distance measure to be used. This must be one of "euclidean" (default), "maximum", "manhattan", "canberra", "binary" or "minkowski". Any unambiguous substring can be given: see dist for more details.
dist.method要使用的距离度量。这必须是一个"euclidean"（默认），"maximum"，"manhattan"，"canberra"，"binary"或"minkowski"。可以给出任何明确的子串：看到dist更多细节。
hclust.method the agglomeration method to be used. This should be (an unambiguous abbreviation of) one of "ward" (default), "single", "complete", "average", "mcquitty", "median" or "centroid": see hclust for more details.
hclust.method结块方法要使用。这应该是（一个明确的缩写）"ward"，"single"，"complete"，"average"，"mcquitty"或"median"（默认）， "centroid"：看到hclust更多细节。
k an integer scalar or vector with the desired number of groups. If NULL (default), grouping will rely instead on distance measurements: see cutree for more details.
k一个整数的标量或向量组所需数量。如果NULL（默认），分组将依赖于测量距离，而不是：看到cutree更多细节。
cor.method the correlation algorithm to be used. This must be one of "pearson" (default), "kendall", or "spearman". Any unambiguous substring can be given: see cor for more details.
cor.method要使用的相关算法。这必须是一个"pearson"（默认），"kendall"或"spearman"。可以给出任何明确的子串：看到cor更多细节。
\dots other arguments to be passed to pairs or dist. See pairs, dist.
\dots其他参数被传递到pairs或dist。看到pairs，dist。
作者（S）----------Author(s)----------
Reid F. Thompson (<a href="mailto:rthompso@aecom.yu.edu">rthompso@aecom.yu.edu</a>)
参见----------See Also----------
plotPairs-methods, dist, hclust, dendrogram, cutree, pairs
plotPairs-methods，dist，hclust，dendrogram，cutree，pairs
举例----------Examples----------
#demo(pipeline,package="HELP")[演示（管道，包=“帮助”）]
x <- sample(1:10000,size=10000)
x <- cbind(x,x+5,x*sample((1000:2000)/1000,size=10000,replace=TRUE),sample(-1*(1:10000),size=10000))
colnames(x) <- c("x","x+5","spread","random")
plotPairs(x)
#rm(x)[RM（X）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:37:16
