HarshExt(Harshlight)
HarshExt()所属R语言包：Harshlight
a blemish detection program for microarray chips: extended defects only
仅用于微阵列芯片缺陷检测方案：扩展的缺陷
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Harshlight automatically detects and masks blemishes in microarray chips of class AffyBatch
harshlight自动检测和口罩类AffyBatch微阵列芯片瑕疵
用法----------Usage----------
HarshExt(affy.object, my.ErrorImage = NULL, extended.radius = 10)
参数----------Arguments----------
参数：affy.object
An AffyBatch object containing two or more chips.
一个AffyBatch对象包含两个或更多的筹码。
参数：my.ErrorImage
A batch of ErrorImages obtained through other programs. The error images must be in a matrix format, in which the first index represents each cell in the matrix and the second index represents the chip number. By default, the program calculates the error images for the batch of chips affy.object as described in Suarez-Farinas M et al., BMC Bioinformatics - 2005. If a batch of error images is provided, the affy.object is also required.
通过其他程序获得的一批ErrorImages。错误的图像，必须是在一个矩阵格式，其中第一个索引矩阵中的每个单元，第二个指数所代表的芯片数量。默认情况下，程序计算错误苏亚雷斯-Farinas M等，BMC的生物信息学为芯片affy.object的一批图像 - 2005年。如果提供了一批错误的图像，affy.object也是必需的。
参数：extended.radius
Radius of the median kernel used to identify extended defects on the chip.
用于识别芯片的扩展缺陷中位数的内核半径。
值----------Value----------
HarshExt is used to detect only extended defects on the surface of the chip. It does not detect compact or diffuse defects (see the help page for Harshlight).
HarshExt用于检测芯片表面扩展的缺陷。它不检测的紧凑型或弥漫性缺陷（看到帮助Harshlight页）。
作者（S）----------Author(s)----------
Mayte Suarez-Farinas, Maurizio Pellegrino, Knut M. Wittkwosky, Marcelo O. Magnasco
<a href="mailto:mpellegri@rockefeller.edu">mpellegri@rockefeller.edu</a>
参考文献----------References----------
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:29:55
