R语言 GWASTools包 snpCorrelationPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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snpCorrelationPlot(GWASTools)
snpCorrelationPlot()所属R语言包：GWASTools

                                         SNP correlation plot
                                         SNP相关图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots SNP correlation versus chromosome.
SNP的相关图与染色体。


用法----------Usage----------


snpCorrelationPlot(correlations, chromosome,
                   chrom.labels = c(1:22,"X","XY","Y","M"),
                   ylim=c(0,1), ylab = "abs(correlation)", ...)



参数----------Arguments----------

参数：correlations
A vector of correlations.
一个向量的相关性。


参数：chromosome
A vector containing the integer chromosome ID for each SNP.
包含整数染色体编号为每个SNP的一个向量。


参数：chrom.labels
A vector of chromosome names to use in the plot.
染色体名向量使用中的图。


参数：ylim
The limits of the y axis.
y轴的限制。


参数：ylab
The label for the y axis.
y轴的标签。


参数：...
Other parameters to be passed directly to plot.
其他参数将直接传递到plot。


Details

详情----------Details----------

Plots SNP correlations (from, e.g., PCA), versus chromosome.  SNPs are evenly spaced along the X axis, so correlations should be in order of position on the chromosome.
图的单核苷酸多态性的相关性（，如PCA），对染色体。 SNPs是均匀分布的沿X轴，所以correlations应该在染色体上的位置顺序。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie




参见----------See Also----------

manhattanPlot
manhattanPlot


举例----------Examples----------


correlations <- sample(0.01*(0:100), 100, replace=TRUE)
chromosome <- c(rep(1,50), rep(2,50))
snpCorrelationPlot(correlations, chromosome, chrom.labels=c(1,2))

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