ScanAnnotationDataFrame(GWASTools)
ScanAnnotationDataFrame()所属R语言包：GWASTools
Class ScanAnotationDataFrame
类ScanAnotationDataFrame
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The ScanAnnotationDataFrame class stores annotation data associated with subjects in a genotyping study, where there may be multiple scans per subject, as well as metadata describing each column. It extends the AnnotatedDataFrame class.
ScanAnnotationDataFrame类存储在基因分型研究，其中可能有多个扫描，每科，以及描述每个列的元数据对象相关的注释数据。它延伸AnnotatedDataFrame类。
延伸----------Extends----------
AnnotatedDataFrame
AnnotatedDataFrame
构造----------Constructor----------
ScanAnnotationDataFrame(data, metadata):
ScanAnnotationDataFrame(data, metadata)：
data must be a data.frame containing the scan annotation. It must contain at least the following column:
data必须有一个数据框包含扫描注解。它必须至少包含以下栏：
"scanID": integer vector containing unique scan ids.
“scanID”：含有独特的扫描IDS的整数向量。
If a column representing sex is present, it must have the following format:
如果一列代表性别是存在的，它必须具有以下格式：
"sex": character vector with values 'M' or 'F'.
“性”：性格与价值观“M”或“F”的向量。
metadata is an optional data.frame containing a description for each column in data. It should contain a column "labelDescription", with row.names(metadata) == names(data).
metadata是一个可选的数据框包含为每个列在data描述。它应该包含列“labelDescription”，用row.names(metadata) == names(data)。
The ScanAnnotationDataFrame constructor creates and returns a ScanAnnotationDataFrame instance.
ScanAnnotationDataFrame构造创建和返回ScanAnnotationDataFrame实例。
存取----------Accessors----------
In the code snippets below, object is a ScanAnnotationDataFrame object.
在下面的代码片段，object是ScanAnnotationDataFrame的对象。
getScanID(object, index): A unique integer vector of scan IDs. The optional index is a logical or integer vector specifying elements to extract.
getScanID(object, index)：一个独特的扫描标识的整数向量。可选的index是一个逻辑或整数向量，指定要提取的元素。
getSex(object, index): A character vector of sex, with values 'M' or 'F'. The optional index is a logical or integer vector specifying elements to extract.
getSex(object, index)：对性的特征向量，“M”或“F”值。可选的index是一个逻辑或整数向量，指定要提取的元素。
hasSex(object): Returns TRUE if the column 'sex' is present in object.
hasSex(object)：返回TRUE如果列性是在object。
getVariable(object, varname, index): A vector of the column varname. The optional index is a logical or integer vector specifying elements to extract. If varname is itself a vector, returns a data.frame. Returns NULL if varname is not found in object.
getVariable(object, varname, index)：一个列varname向量。可选的index是一个逻辑或整数向量，指定要提取的元素。 varname如果本身就是一个向量，返回一个数据框。返回NULL如果varname不object发现。
hasVariable(object, varname): Returns TRUE if varname is a column in object, FALSE if not.
hasVariable(object, varname)：返回TRUE如果varname是一个列在object，FALSE如果不是。
getVariableNames(object): Returns a character vector with the names of all columns in object.
getVariableNames(object)：返回所有列在object的名称字符向量。
getAnnotation(object): Returns all annotation variables as a data frame.
getAnnotation(object)：返回一个数据框的所有注释的变量。
getMetadata(object): Returns metadata describing the annotation variables as a data frame.
getMetadata(object)：返回元数据描述的注释变量作为一个数据框。
Inherited methods from AnnotatedDataFrame:
继承的方法，从AnnotatedDataFrame：
varLabels(object): Returns a character vector with the names of all columns in object.
varLabels(object)：返回所有列在object的名称字符向量。
pData(object): Returns all annotation variables as a data frame, or sets the annotation variables with pData(object) <- df.
pData(object)：返回一个数据框的所有注释的变量，或设置pData(object) <- df注释变量。
varMetadata(object): Returns metadata describing the annotation variables as a data frame, or sets the metadata with varMetadata(object) <- df.
varMetadata(object)：返回元数据描述一个数据框注释的变量，或设置varMetadata(object) <- df元数据。
The operators $ and [ work just as they do in standard data frames, for both retrieval and assignment.
运营商$和[工作，就像他们在做标准数据框，检索和分配。
作者（S）----------Author(s)----------
Stephanie Gogarten
参见----------See Also----------
AnnotatedDataFrame, SnpAnnotationDataFrame, GenotypeData, IntensityData
AnnotatedDataFrame，SnpAnnotationDataFrame，GenotypeData，IntensityData
举例----------Examples----------
library(GWASdata)
data(affy_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(affy_scan_annot)
scanID <- getScanID(scanAnnot)
sex <- getSex(scanAnnot)
if (hasVariable(scanAnnot, "plate")) plate <- getVariable(scanAnnot, "plate")
subjectID <- getVariable(scanAnnot, "subjectID", index=(sex == "M"))
# list columns[列表中的列]
varLabels(scanAnnot)
# add metadata[添加元数据]
meta <- varMetadata(scanAnnot)
meta["scanID", "labelDescription"] <- "unique integer ID"
varMetadata(scanAnnot) <- meta
# display data[显示数据]
head(pData(scanAnnot))
# standard operators[标准的运营商]
scanID <- scanAnnot$scanID
sex <- scanAnnot[["sex"]]
subset <- scanAnnot[1:10, 1:5]
scanAnnot$newVar <- rep(1, nrow(scanAnnot))
# replace data[替换数据]
df <- pData(scanAnnot)
pData(scanAnnot) <- df
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:28:41
