pedigreeClean(GWASTools)
pedigreeClean()所属R语言包：GWASTools
Basic pedigree data checking
基本检查系谱数据
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function checks a pedigree for completeness and gross errors
此功能检查的完整性和严重错误的系谱
用法----------Usage----------
pedigreeClean(pedigree, verbose = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：pedigree
A dataframe containing the pedigree information for the samples to be examined with columns labeled "family", "individ", "mother", "father" and "sex" containing the identity numbers of the family, individual, individual's mother, individual's father and individual's gender (coded as "M" or "F") .
包含的信息被标记为“家庭”，“individ”，“母亲”，“父亲”和“性”，包含家庭，个人，个人的身份证号码列检查样品的系谱一个dataframe母亲，父亲个人的和个人的性别（代号为“M”或“F”）。
参数：verbose
Logical value specifying whether or not to show progress information.
逻辑值，指明是否显示进度信息。
Details
详情----------Details----------
The function performs a basic check on pedigree data for gross errors, checking for missing id's, non-integer id's, mis-coded gender, id's of 0 and for individuals that appear as both mothers and fathers.
函数执行基本的检查，检查失踪，非整数ID，ID的错误编码的性别，编号为0和个人，作为父亲和母亲都出现严重错误的系谱数据。
值----------Value----------
A list with the following components:
以下组件列表：
参数：fam.na
A vector of integers containing the row positions of entries with missing family id's
含失踪的家庭ID的条目行位置的整数向量
参数：other.na
A vector of integers containing the row positions of entries with missing individual, mother or father id's
含个人失踪，父亲或母亲身份证的条目的行位置的整数向量
参数：cols.not.numeric
A vector of integers containing the row positions of non-numeric id's
含有非数字编号的行位置的整数向量
参数：rows.sexcode.error
A vector of integers containing the row positions of entries with mis-specified gender
包含的条目与MIS指定性别行位置的整数向量
参数：zero.individ
A vector of integers containing the row positions with an id equal to 0.
包含一个id等于0的行位置的整数向量。
参数：mofa
A vector containing the id's of individuals appearing as both mothers and fathers
一个向量，包含ID的父亲和母亲都出现个人
Returns NULL if no errors were found.
返回NULL如果没有发现错误。
作者（S）----------Author(s)----------
Cecelia Laurie
参见----------See Also----------
pedigreeCheck, pedigreeFindDuplicates, pedigreePairwiseRelatedness
pedigreeCheck，pedigreeFindDuplicates，pedigreePairwiseRelatedness
举例----------Examples----------
family <- c(1,1,1,NA,2,2,2,2)
individ <- c(1,2,3,0,4,5,6,NA)
mother <- c(0,0,1,1,0,0,4,4)
father <- c(0,0,2,2,0,0,5,4)
sex <- c("F","M","F","F","F","F","M",1)
pedigree <- data.frame(family, individ, mother, father, sex)
pedigreeClean(pedigree)
#$fam.na[]
#[1] 4[[1] 4]
#$other.na[]
#[1] 8[[1] 8]
#$cols.not.numeric[美元cols.not.numeric]
#NULL[为NULL]
#$rows.sexcode.error[美元rows.sexcode.error]
#[1] 8[[1] 8]
#$zero.individ[美元zero.individ]
#[1] 4[[1] 4]
#$mofa[$外交部]
#[1] 2[[1] 2]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 21:27:22
