R语言 GWASTools包 meanIntensityByScanChrom()函数中文帮助文档(中英文对照)

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meanIntensityByScanChrom(GWASTools)
meanIntensityByScanChrom()所属R语言包：GWASTools

                                        Calculate Means \& Standard Deviations of Intensities
                                         计算方法\强度的标准偏差

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to calculate the mean and standard deviation of the intensity for each chromosome for each scan.
函数来计算每个染色体为每个扫描强度的平均值和标准偏差。


用法----------Usage----------


meanIntensityByScanChrom(intenData, vars = c("X", "Y"),
                         snp.exclude = NULL, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：intenData
IntensityData object  
IntensityData对象


参数：vars
Character vector with the names of one or two intensity variables.
特征向量强度的一个或两个变量的名称。


参数：snp.exclude
An integer vector containing SNPs to be excluded.  
一个整数向量包含的SNPs被排除在外。


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.
逻辑值，指定是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

The names of two intensity variables in intenData may be supplied. If two variables are given, the mean of their sum is computed as well.  The default is to compute the mean and standard deviation for X and Y intensity.
两个intenData强度变量的名字可提供。如果两个变量，其总和的平均值以及计算。默认的是X和Y强度计算平均值和标准偏差。


值----------Value----------

A list with two components for each variable in "vars": 'mean.var' and 'sd.var'.  If two variables are given, the first two elements of the list will be mean and sd for the sum of the intensity variables:  
一个在“瓦尔”列表中每个变量的两个组成部分：：“mean.var和sd.var。如果两个变量，列表中的前两个元素将强度变量的总和，平均和SD：


参数：mean.intensity
A matrix with one row per scan and one column per chromosome containing the means of the summed intensity values for each scan and chromosome.  
每次扫描一行，每一个染色体含有的手段总结为每个扫描和染色体的强度值列矩阵。


参数：sd.intensity
A matrix with one row per scan and one column per chromosome containing the standard deviations of the summed intensity values for each scan and chromosome.  
每次扫描一行，每一个染色体含有概括为每个扫描和染色体强度值的标准偏差列矩阵。


参数：mean.var
A matrix with one row per scan and one column per chromosome containing the means of the intensity values for each scan and chromosome.  
每次扫描一行，每一个染色体含有的手段为每个扫描和染色体的强度值列矩阵。


参数：sd.var
A matrix with one row per scan and one column per chromosome containing the standard deviations of the intensity values for each scan and chromosome.  
每次扫描一行，每一个染色体包含每个扫描和染色体的强度值的标准偏差列矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie



参见----------See Also----------

IntensityData, mean, sd
IntensityData，mean，sd


举例----------Examples----------


file <- system.file("extdata", "affy_qxy.nc", package="GWASdata")
nc <- NcdfIntensityReader(file)
intenData <- IntensityData(nc)

meanInten <- meanIntensityByScanChrom(intenData)

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