R语言 GWASTools包 intensityOutliersPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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intensityOutliersPlot(GWASTools)
intensityOutliersPlot()所属R语言包：GWASTools

                                        Plot mean intensity and highlight outliers
                                         绘制平均强度和亮点离群

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

intensityOutliersPlot is a function to plot mean intensity for chromosome i vs mean of intensities for autosomes (excluding i) and highlight outliers
intensityOutliersPlot是一个函数来绘制染色体我亦或平均强度是指染色体（不包括我）和亮点离群的强度


用法----------Usage----------


intensityOutliersPlot(mean.intensities, sex, outliers,       
                      sep = FALSE, label, ...)



参数----------Arguments----------

参数：mean.intensities
scan x chromosome matrix of mean intensities
扫描平均强度的X染色体矩阵


参数：sex
vector with values of "M" or "F" corresponding to scans in the rows of mean.intensities
向量的“M”或“F”对应的值扫描mean.intensities行


参数：outliers
list of outliers, each member corresponds to a chromosome (member "X" is itself a list of female and male outliers)
离群值的列表，每个成员都对应一个染色体（成员的“X”本身就是一种男性和女性的离群）


参数：sep
plot outliers within a chromosome separately (TRUE) or together (FALSE)
图分别在染色体异常值（TRUE）或（假）


参数：label
list of plot labels (to be positioned below X axis) corresponding to list of outliers
图标签列表（以下X轴定位）列出相应的离群


参数：...
additional arguments to plot
额外的参数plot


Details

详情----------Details----------

Outliers must be determined in advance and stored as a list, with one element per chromosome.  The X chromosome must be a list of two elements, "M" and "F".  Each element should contain a vector of ids corresponding to the row names of mean.intensities.
离群必须事先确定并存储为一个列表，每一个染色体元素。在X染色体上必须有两个元素的列表“M”和“F”。每个元素应包含一个相应的行名mean.intensitiesIDS的向量。

If sep=TRUE, labels must also be specified. labels should be a list that corresponds exactly to the elements of outliers.
如果sep=TRUE，labels也必须被指定。 labels应该是一个完全对应outliers元素的列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie



参见----------See Also----------

meanIntensityByScanChrom
meanIntensityByScanChrom


举例----------Examples----------


# calculate mean intensity[计算平均强度]
library(GWASdata)
file <- system.file("extdata", "affy_qxy.nc", package="GWASdata")
nc <- NcdfIntensityReader(file)
data(affy_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(affy_scan_annot)
intenData <- IntensityData(nc, scanAnnot=scanAnnot)
meanInten <- meanIntensityByScanChrom(intenData)
intenMatrix <- meanInten$mean.intensity

# find outliers[发现离群]
outliers <- list()
sex <- scanAnnot$sex
id <- scanAnnot$scanID
allequal(id, rownames(intenMatrix))
for (i in colnames(intenMatrix)) {
  if (i != "X") {
    imean <- intenMatrix[,i]
    imin <- id[imean == min(imean)]
    imax <- id[imean == max(imean)]
    outliers[[i]] <- c(imin, imax)
  } else {
    idf <- id[sex == "F"]
    fmean <- intenMatrix[sex == "F", i]
    fmin <- idf[fmean == min(fmean)]
    fmax <- idf[fmean == max(fmean)]
    outliers[[i]][["F"]] <- c(fmin, fmax)
    idm <- id[sex == "M"]
    mmean <- intenMatrix[sex == "M", i]
    mmin <- idm[mmean == min(mmean)]
    mmax <- idm[mmean == max(mmean)]
    outliers[[i]][["M"]] <- c(mmin, mmax)
  }
}

par(mfrow=c(2,4))
intensityOutliersPlot(intenMatrix, sex, outliers)

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