R语言 GWASTools包 hetByScanChrom()函数中文帮助文档(中英文对照)

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hetByScanChrom(GWASTools)
hetByScanChrom()所属R语言包：GWASTools

                                        Heterozygosity rates by scan and chromosome
                                         通过扫描和染色体的杂合率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates the fraction of heterozygous genotypes for each chromosome for a set of scans.
此函数计算分数各为一组扫描染色体的杂合基因型。


用法----------Usage----------


hetByScanChrom(genoData, snp.exclude = NULL,
               verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：genoData
GenotypeData object
GenotypeData对象


参数：snp.exclude
An integer vector containing the id's of SNPs to be excluded.  
整数向量的ID是被排除在外的SNPs。


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.
逻辑值，指定是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

This function calculates the percent of heterozygous and missing genotypes in each chromosome of each scan given in genoData.
此函数计算每个染色体的genoData给每个扫描的杂合缺失基因型％。


值----------Value----------

The result is a matrix containing the heterozygosity rates with scans as rows and chromosomes as columns, including a column "A" for all autosomes.
结果是一个矩阵，扫描行和列，包括列的“A”的所有染色体染色体含有杂合率。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie




参见----------See Also----------

GenotypeData, hetBySnpSex
GenotypeData，hetBySnpSex


举例----------Examples----------


file <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
nc <- NcdfGenotypeReader(file)
genoData <- GenotypeData(nc)
het <- hetByScanChrom(genoData)
close(genoData)

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