R语言 GWASTools包 duplicateDiscordanceProbability()函数中文帮助文档(中英文对照)

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duplicateDiscordanceProbability(GWASTools)
duplicateDiscordanceProbability()所属R语言包：GWASTools

                                        Probability of duplicate discordance
                                         重复不一致的概率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

duplicateDiscordanceProbability calculates the probability of observing discordant genotypes for duplicate samples.
duplicateDiscordanceProbability计算观察不和谐的重复样本的基因型的概率。


用法----------Usage----------


duplicateDiscordanceProbability(npair,
                                error.rate = c(1e-5, 1e-4, 1e-3, 1e-2),
                                max.disc = 7)



参数----------Arguments----------

参数：npair
The number of pairs of duplicate samples.
对重复样本数。


参数：error.rate
A numeric vector of error rates (i.e., the rate at which a genotype will be called incorrectly).
一个错误率的数字矢量（即，将被称为基因型错误率）。


参数：max.disc
The maximum number of discordances for which to compute the probability.
的不一致性计算的概率最大数量。


Details

详情----------Details----------

Since there are three possible genotypes, one call is correct and the other two are erroneous, so theoretically there are two error rates, a and b. The probability that duplicate genotyping instances of the same subject will give a discordant genotype is 2[(1 - a - b)(a + b) + ab]. When a and b are very small, this is approximately 2(a + b) or twice the total error rate. This function assumes that a == b, and the argument error.rate is the total error rate a + b.
由于有三种可能的基因型，一次通话是正确的，其他两个是错误的，所以理论上有两种错误率，A和B。同一主题的重复基因分型情况下，会给一个不和谐的基因型的概率是2 [（1  -  A  -  B）（A + B）+ AB]。当A和B都非常小，这大约是2（A + B）或两次总的错误率。这个函数假设，== B，参数error.rate是总误差率A + B。


值----------Value----------

This function returns a matrix of probabilities, where the column names are error rates and the row names are expected number of discordant genotypes (>0 through >max.disc).
这个函数返回的概率矩阵，列名其中的错误率和行名，预计一些不和谐的基因型（> 0，通过>max.disc）。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie



参见----------See Also----------

duplicateDiscordance,
duplicateDiscordance


举例----------Examples----------


disc <- duplicateDiscordanceProbability(npair=10, error.rate=c(1e-6, 1e-4))

#probability of observing &gt;0 discordant genotypes given an error rate 1e-6[观察> 0不和谐的基因型错误率1E-6的概率]
disc[1,1]

#probability of observing &gt;1 discordant genotypes given an error rate 1e-4[观察> 1不和谐的基因型错误率1E-4的概率]
disc[2,2]

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