R语言 GWASTools包 duplicateDiscordance()函数中文帮助文档(中英文对照)

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duplicateDiscordance(GWASTools)
duplicateDiscordance()所属R语言包：GWASTools

                                        Duplicate discordance
                                         重复不一致

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to compute all pair-wise genotype discordances between multiple genotyping instances of the same subject.
一个函数来计算同一主题的多个基因分型的实例之间的所有成对的基因型不一致性。


用法----------Usage----------


duplicateDiscordance(genoData, subjName.col,
                     scan.exclude = NULL, snp.exclude = NULL,
                     verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：genoData
GenotypeData object  
GenotypeData对象


参数：subjName.col
A character string indicating the name of the annotation variable that will be identical for duplicate scans.
一个字符串，指示注释的变量，这将是重复扫描相同的名称。


参数：scan.exclude
An integer vector containing the ids of scans to be excluded.  
整数向量，包含扫描的ID被排除在外。


参数：snp.exclude
An integer vector containing the ids of SNPs to be excluded.
整数向量IDS的SNPs被排除在外。


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.  
逻辑值，指定是否显示进度信息。


值----------Value----------

A list with the following components:
以下组件列表：


参数：discordance.by.snp
data frame with 5  columns: 1. snpID, 2. discordant (number of discordant pairs), 3. npair (number of pairs examined), 4. n.disc.subj (number of subjects with at least one discordance), 5. discord.rate (discordance rate i.e. discordant/npair)
数据框5列：1。 snpID，2。不和谐的（不和谐的对数），3。 npair（审查对数），4。 n.disc.subj（至少有一个不一致的科目数），5。 discord.rate（不和谐不一致率即/ npair）


参数：discordance.by.subject
a list of matrices (one for each subject) with the pair-wise discordance between the different genotyping instances of the subject
与主体之间的不同基因型的实例成对不一致的矩阵列表（每个科目之一）


参数：correlation.by.subject
a list of matrices (one for each subject) with the pair-wise correlation between the different genotyping instances of the subject
与主体之间的不同基因型的实例成对相关的矩阵列表（每个科目之一）


作者（S）----------Author(s)----------


Tushar Bhangale, Cathy Laurie



参见----------See Also----------

GenotypeData, duplicateDiscordanceAcrossDatasets, duplicateDiscordanceProbability
GenotypeData，duplicateDiscordanceAcrossDatasets，duplicateDiscordanceProbability


举例----------Examples----------


library(GWASdata)
file <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
nc <- NcdfGenotypeReader(file)
data(affy_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(affy_scan_annot)
genoData <-  GenotypeData(nc, scanAnnot=scanAnnot)

disc <- duplicateDiscordance(genoData, subjName.col="subjectID")
close(genoData)

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