R语言 GWASTools包 alleleFrequency()函数中文帮助文档(中英文对照)

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alleleFrequency(GWASTools)
alleleFrequency()所属R语言包：GWASTools

                                         Allelic frequency
                                         等位基因频率

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates the frequency of the A allele over the specifed scans.
计算出的A等位基因在specifed扫描频率。


用法----------Usage----------


alleleFrequency(genoData, scan.exclude,
                verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：genoData
GenotypeData object.  
GenotypeData对象。


参数：scan.exclude
Integer vector with IDs of scans to exclude.  
要排除扫描的ID的整数向量。


参数：verbose
Logical value specifying whether to show progress information.  
逻辑值，指定是否显示进度信息。


Details

详情----------Details----------

Counts male heterozygotes on the X and Y chromosomes as missing values, and any genotype for females on the Y chromosome as missing values. A "sex" variable must be present in the scan annotation slot of genoData.
作为缺失值，缺失值的Y染色体上的任何女性基因型的X和Y染色体计数男性杂合子。一个“性”的变量必须在扫描注释插槽genoData。


值----------Value----------

A matrix of allelic frequencies with snps as rows and 3 columns ("M" for males, "F" for females, "all" for all scans).
一个矩阵行3列的“M”为男性，女性的“F”，“所有”的所有扫描单核苷酸多态性的等位基因频率。


作者（S）----------Author(s)----------


Cathy Laurie




参见----------See Also----------

GenotypeData
GenotypeData


举例----------Examples----------


library(GWASdata)
file <- system.file("extdata", "affy_geno.nc", package="GWASdata")
nc <- NcdfGenotypeReader(file)

# need scan annotation with sex[需要扫描的注释与性别]
data(affy_scan_annot)
scanAnnot <- ScanAnnotationDataFrame(affy_scan_annot)
genoData <-  GenotypeData(nc, scanAnnot=scanAnnot)

afreq <- alleleFrequency(genoData, scan.exclude=(scanAnnot$race != "CEU"))
close(genoData)

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