R语言 GSRI包 test-functions()函数中文帮助文档(中英文对照)

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test-functions(GSRI)
test-functions()所属R语言包：GSRI

                                         Statistical test functions
                                         统计测试功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Assess the differential effect in gene expression between groups of microarray replicates.
评估在基因表达芯片复制组之间的差别的影响。


用法----------Usage----------


rowt(exprs, groups, id, index, testArgs)
rowF(exprs, groups, id, index, testArgs=list(var.equal=TRUE))
limmat(exprs, groups, id, index, testArgs)



参数----------Arguments----------

参数：exprs
A matrix of expression values of size n x m, with rows representing the genes and columns representing the samples. The structure is the same as for the exprs argument of the gsri method.
一个矩阵，代表行和列代表样本的基因表达值的大小nxm。结构exprsgsri方法参数是相同的。


参数：groups
A factor with the length m, specifying the groups of the corresponding samples in exprs.  The structure is the same as for the exprs argument of the gsri method.
一米长的因素，在exprs指定相应的样本群体。结构exprsgsri方法参数是相同的。


参数：id
Index vector for the rows of exprs which are part of the current gene set.
指数exprs这行的向量是目前基因组的一部分。


参数：index
Index for the columns of exprs, such that exprs[     ,index] yields the bootstrapped expression matrix. Similar to the index arguments for boot of the boot package.
列指数exprs，exprs[     ,index]产生自举表达矩阵。类似indexbootboot包论据。


参数：testArgs
Optional list with arguments passed to the test function. If "NULL" or missing it is not passed to test and any exisiting default value of the function is used instead.     
可选传递给test函数的参数列表。如果空或丢失不传递test的和任何重新审视和反思的功能则使用默认值代替。

var.equal:For the rowF function a logical indicating whether equal variances in the groups are assumed for the F-test (default: TRUE). For details, please see rowFtests in the genefilter package.      
var.equal：对于rowF函数逻辑指示是否在平等的群体方差假定为F-测试（默认：true）。有关详细信息，请参阅rowFtestsgenefilter包。


Details

详情----------Details----------

With the t-test and the F-test, two widely used statistical tests are available in this package. To allow a fast computation the implementations from the genefilter package is used.
两种广泛使用的统计检验与t检验和F检验，在这个包。为了让一个快速计算从genefilter包的实现。

It is also possible to use custom test statistics for assessing the differential effect between groups for each gene. In this case the function is passed as the test argument to the gsri method, while additional parameters for the function can be passed as a list via the testArgs argument. The defined function is required to be called as
它也可以使用自定义的测试统计，评估每个基因组之间的差效应。在这种情况下函数传递testgsri方法的参数，而作为通过testArgs参数列表可以传递函数的附加参数。定义函数被称为

function(exprs, groups, id, index, testArgs),
function(exprs, groups, id, index, testArgs)

with exprs the matrix of expression intensities of the microarray and groups the factor of group labels, with the same structure as those passed initially to the gsri method. The vector id contains the indices of the genes part of the current gene set and is used to subset the expression intensities if necessary. The function has to return one p-value for each gene in the gene set indicating its differential effect. The vector index contains the indicies of the samples for the bootstrapping. Applying index on the expression matrix in the form of exprs[ ,index] generates the bootstrapped data set.
exprs矩阵芯片和表达强度groups组标签的因素具有相同的结构，为那些通过初步gsri方法。矢量id包含了当前基因组的基因的一部分子集，如果必要的话表达强度指数和。函数返回一个p值，每个基因在基因组表明其差的效果。向量index包含自举样品的序号为。申请index的形式表达矩阵exprs[ ,index]生成的自举数据集。

For details on how to define and use your custom test functions, please refer to the "examples" section or the vignette of this package.
如何定义和使用自定义的测试功能的详细信息，请参阅“例子”一节或此包的小插曲。


值----------Value----------

A vector of p-values, indicating the significance of the differential effect between groups for each gene.
p值的一个向量，每个基因组之间的差效果的意义。


作者（S）----------Author(s)----------



Julian Gehring

Maintainer: Julian Gehring <julian.gehring@fdm.uni-freiburg.de>




参见----------See Also----------

Package: GSRI-package
包装：GSRI-package

Class: Gsri
类别：Gsri

Methods: gsri   getGsri getCdf getParms export sortGsri plot show summary readCls readGct
方法：gsrigetGsrigetCdfgetParmsexportsortGsriplotshowsummary<X >readCls

Statistical tests from the genefilter package: rowFtests
genefilter：rowFtests的包的统计检验


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
## A simple example for a custom test function using a linear model.[＃一个简单的例子，自定义测试功能，采用线性模型。]
## Note that for two groups this is equivalent to a t-test with equal variances.[＃注意，两组t检验与方差相等，这相当于。]
testFcn <- function(exprs, groups, id, index, testArgs) {

  stat <- function(e, g, f) {
  m <- lm(f)
  pval <- summary(m)$coefficients[2,4]
  }

pvals <- apply(exprs[id,index], 1, stat, groups, testArgs$f)
return(pvals)
}

## Pass the definition of the linear model through 'testArgs'[＃传递通过“testArgs”的线性模型定义]
f <- formula(e ~ g)

res <- gsri(exprs, groups, test=testFcn, testArgs=list(f=f))

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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