R语言 GSEAlm包 getResidPerGene()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getResidPerGene(GSEAlm)
getResidPerGene()所属R语言包：GSEAlm

                                        Row-by-Row Linear-Model Residuals for Gene Expression (or similar)
                                         排行线性模型残差的基因表达（或类似）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This produces residuals of an identical linear model applied to each row of a gene expression matrix (or similar dataset). Computation speed is achieved via straightforward matrix algebra. Most
这将产生一个相同的线性模型应用于基因表达矩阵（或类似的数据集）的每一行的残差。通过简单的矩阵代数运算速度达到。最


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：lmobj
An object produced by function lmPerGene.  
对象功能lmPerGene。


参数：type
A string indicating the type of residual requeseted (defaults to externally-Studentized).  
一个字符串（默认到外部，学生化）表明残余requeseted类型。


Details

详情----------Details----------

Types of residuals now available:
残差类型：




"response" Response residuals, observed minus fitted
“响应”响应残差，观察减装




"normalized" Response residuals divided by the estimated residual
“标准化”的响应分为估计剩余的残差




"intStudent" Internally Studentized residuals, often referred
“intStudent”国内学生化残差，通常被称为




default Externally Studentized residuals, which can be used
默认的外部学生化残差，它可以用来


值----------Value----------

Returns a instance of ExpressionSet where the expression matrix contains the residuals. The phenoData are inherited from lmobj$eS.
ExpressionSet返回一个实例表达矩阵包含残差。 phenoData继承lmobj$eS。


作者（S）----------Author(s)----------


Robert Gentleman, Assaf Oron



参见----------See Also----------

lmPerGene, resplot,dfbetasPerGene,influence.measures
lmPerGene，resplot，dfbetasPerGene，influence.measures


举例----------Examples----------


data(sample.ExpressionSet)
lm1 = lmPerGene(sample.ExpressionSet,~sex)
r1 = getResidPerGene(lm1)
### now a boxplot of all residuals by sample[＃＃现在所有残差由样品的盒形图]
resplot(resmat=exprs(r1),fac=sample.ExpressionSet$sex)
### This plot is not very informative because of some gross outliers;[＃＃这个图是不会因为一些毛离群非常翔实;]
### try this instead[＃尝试这种替代]
resplot(resmat=exprs(r1),fac=sample.ExpressionSet$sex,lims=c(-5,5))


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