R语言 GSEABase包 GeneIdentifierType()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GeneIdentifierType(GSEABase)
GeneIdentifierType()所属R语言包：GSEABase

                                        Gene Identifier Class Constructors
                                         基因标识类的构造函数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Gene identifier classes and functions are used to indicate what the list of genes in a gene set represents (e.g., Entrez gene identifiers are tagged with EntrezIdentifier(), Bioconductor annotations with AnnotationIdentifier()).
基因标识的类和函数是用来表明基因在基因组的列表，代表什么（例如，Entrez基因标识的标签EntrezIdentifier()，AnnotationIdentifier()的Bioconductor注释）。


用法----------Usage----------


NullIdentifier(annotation, ...)
EnzymeIdentifier(annotation, ...)
ENSEMBLIdentifier(annotation, ...)
GenenameIdentifier(annotation,...)
RefseqIdentifier(annotation,...)
SymbolIdentifier(annotation,...)
UnigeneIdentifier(annotation,...)
EntrezIdentifier(annotation,...)
AnnotationIdentifier(annotation, ...)



参数----------Arguments----------

参数：annotation
An optional character string identifying  the Bioconductor package from which the annotations are drawn, e.g., "hgu95av2", "org.Hs.eg.db".
Bioconductor包注释绘制确定一个可选的字符串，例如，“hgu95av2，org.Hs.eg.db”。


参数：...
Additional arguments, usually none.
额外的参数，通常没有。


值----------Value----------

An object of the same class as the function name, initialized as appropriate for the identifier.
一个函数名相同的类的对象，初始化为适当的标识。


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan <mtmorgan@fhcrc.org>



参见----------See Also----------

GeneIdentifierType-class for a description of the classes and methods using these objects.
GeneIdentifierType使用这些对象的类和方法的描述类。


举例----------Examples----------


NullIdentifier()

data(sample.ExpressionSet)
gs1 <- GeneSet(sample.ExpressionSet[100:109],
               setName="sample1", setIdentifier="100")
geneIdType(gs1) # AnnotationIdentifier[AnnotationIdentifier]

geneIds <- featureNames(sample.ExpressionSet)[100:109]
gs2 <- GeneSet(geneIds=geneIds,
               setName="sample1", setIdentifier="101")
geneIdType(gs2) # NullIdentifier, since no info about genes provided[NullIdentifier，因为没有提供基因信息]

## Convert...[＃转换...]
ai <- AnnotationIdentifier(annotation(sample.ExpressionSet))
geneIdType(gs2) <- ai
geneIdType(gs2)
## ...or provide more explicit construction[＃...或提供更明确的建设]
gs3 <- GeneSet(geneIds=geneIds, type=ai,
               setName="sample1", setIdentifier="102")

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